¿Cuáles son los algoritmos/métodos en uso para el cálculo de dímeros de imprimación y horquillas?
Como ejemplo, la herramienta OligoAnalyzer de IDT generará estos análisis dadas secuencias particulares.
Me parece que el análisis de homodímeros es solo un escaneo deslizante de dos secuencias entre sí. Supongo que esto no tiene en cuenta posibles problemas de horquilla. o estas estructuras son menos probables en comparación con la miríada de otros problemas más comunes. Además, ¿cómo se calculan los valores de ΔG dado un patrón de dimerización particular?
Es importante visualizar más caras para diseñar experimentos de primer u oligo y PCR:
- calcular parámetros termodinámicos de hibridación de ADN (Oligo/plantilla)
calcule el bucle de horquilla, el dímero, la penalidad de las bases y la temperatura de fusión sobre la imprimación o la imprimación par
calcular estadísticas sobre la temperatura de fusión con el cambio en la composición y mezclar la concentración de PCR
con google podrías encontrar más herramientas pero debes elegir una herramienta de un equipo de secuenciación. casi todas las herramientas usan el algoritmo mfold, es simple y efectivo:
M. Zuker, DH Mathews y DH Turner. Algoritmos y termodinámica para la predicción de la estructura secundaria del ARN: una guía práctica en bioquímica y biotecnología, 11-43, J. Barciszewski y BFC Clark, eds. , Serie ASI de la OTAN, Kluwer Academic Publishers, Dordrecht, NL, 1999.
Trabajé en un equipo de secuenciación y había un programador. Desarrolló unas herramientas fantásticas. es un poco ingles, pero podria apoyarte: http://promix.cribi.unipd.it/cgi-bin/promix/melting/melting_main.exe