Preguntas sobre la ARN polimerasa

¿ Cuál es la diferencia entre leer y sintetizar ARN?

¿Cuál es la diferencia entre leer y escribir un libro? Sintetizar ARN significa producir un ARN basado en una secuencia en el ADN. Leerlo significa procesar el ARN que ya se produce. La lectura también implica que la proteína se producirá en función de la secuencia en el ARN.

¿ Cuál es la diferencia entre sintetizar y transcribir ?

"Sintetizar" significa producir cualquier molécula química. "Transcribir" es específicamente la síntesis de ARN a partir de ADN a través de una polimerasa (a diferencia de, por ejemplo, la síntesis inorgánica de ARN de novo , como podría hacerse en un laboratorio de química).

¿No contradijo esto la oración 2?

Solo dice que los genes pueden estar orientados hacia adelante o hacia atrás. Los genes inversos están en la hebra opuesta, por lo que todavía están 5' a 3' (los extremos 5' de las dos hebras están en extremos opuestos del ADN). Pero cada gen aún debe tener un promotor en su lado 5'.

Y en realidad, eso no es del todo cierto: hay promotores bidireccionales que provocarán la transcripción en ambas direcciones.

Si la ARN polimerasa se recluta en un sitio y se dirige a "moverse a lo largo" del ADN, ¿qué está haciendo cuando "se mueve" (leyendo? ¿Sintetizando? ¿Transcribiendo? ¿Qué diablos?).

Por lo general, transcribirá (por lo que también sintetizará o "leerá"). Pero técnicamente, los RNA pol pertenecen a una familia de proteínas que son "motores moleculares", lo que significa que su actividad fundamental es moverse a lo largo del ADN paso a paso como un pequeño mono subiendo una escalera. Con RNA pols, la síntesis de RNA está acoplada a este movimiento, por lo que cada paso en el DNA también hace que se agregue una letra al RNA que están produciendo.

Además, técnicamente, el ARN pol no solo se mueve y produce ADN, sino que también desenrolla las dos hebras de ADN y las separa. Pero esto puede estar fuera del alcance de su material.

Tengo entendido que esta es la "hebra transcrita", no la "hebra codificante" del ADN, ¿correcto?

El ARN sale coincidiendo con la secuencia del gen (excepto T->U), y se ensambla a través del emparejamiento de bases con el ADN. Si se emparejara con la hebra en la que está el gen, el ARN saldría como el complemento inverso del gen. En cambio, se ensambla en la hebra opuesta, que ya es el RC del gen. RC de RC de una secuencia es la misma secuencia. Por lo tanto, decimos que el ARN se transcribe desde la hebra "no codificante", pero tenga en cuenta que estas asignaciones codificantes/no codificantes son arbitrarias y solo las usamos los humanos, la célula no tiene una marca especial para ello (más allá de los 5 '/3').

No entiendo este párrafo y cuanto más lo leo, más confundido me siento. ¿Alguien podría aclarar (preferiblemente con imágenes)?

Es muy simple: el ADN es un(debido a 5'/3') cadena de ACTG. Está acoplado a otra cuerda complementaria que corre opuesta a ella. La secuencia en cualquiera de las cadenas puede no tener sentido, o partes de ella pueden codificar genes. Los genes consisten en un promotor, alguna secuencia y un terminador. Los polos de ARN pueden deslizarse a lo largo de cualquier hebra, pero solo en una dirección de 5' a 3', por lo que se deslizarán en direcciones opuestas en hebras opuestas, como automóviles en una calle de dos sentidos. Cuando RNA pol encuentra un promotor, comienza a sintetizar un ARN: separa las dos hebras y permite que los RNTP únicos se emparejen con la hebra de dirección opuesta, cuando lo hacen, pega sus cadenas principales de fosfato. Sigue deslizándose y produciendo ARN así hasta que llega a otra secuencia, el terminador, momento en el que deja de ensamblar ARN y lo libera. El ARN se desprende del ADN y sigue su camino alegre,

Por lo tanto, para cada par promotor-terminador, cualquier secuencia que se encuentre entre ellos se transcribirá en un ARN. Estos son básicamente genes. Estos genes pueden estar en cualquiera de las cadenas de ADN y siempre deben estar orientados a lo largo de 5' a 3' de la cadena en la que se encuentran. Así, los genes de cadenas opuestas aparecerán "invertidos" entre sí.

"Oración 1:

¿Cuál es la diferencia entre leer y sintetizar ARN?"

La oración 1 se relaciona con lo que es lo más trivial, aunque lo más importante, para no malinterpretarlo: se dice que la ARN polimerasa "funciona" ( Wikipedia, ARN polimerasa) en la dirección 5' a 3'.

Para parafrasear tu pregunta en consecuencia: ¿Qué significaría "trabajar" en esa oración? Significaría "sintetizar" el ARN, no significaría "leer" el ADN (la lectura que circunscribo como "desenredar/viajar" del '3 al '5, mientras, al mismo tiempo, se "alarga" en el '5 al '3 dirección). Tal como ocurre ahora: ¡El texto dice "... la ARN polimerasa lee una plantilla de ADN ..."! Por lo tanto, cambiar su pregunta a "... la diferencia entre leer ADN (no omita "ADN") y sintetizar ARN aparentemente responde la pregunta. Sin embargo, esa no es toda la historia. Creo que no es fácil ver que , véase más arriba, el "trabajo" es como una tarea pasada de moda (en alemán: "Stricken"):

Si la polimerasa tuviera un banco o una mesa grande, iría "a cabeza" y trabajaría de 5 a 3, no al revés. La polimerasa debe poner la carta que acaba de leer como se ordenó al final de la lista que "se apaga", esa polimerasa así "espera en la mesa" del 5 al 3, lo que tiene "sentido". Entonces, "leer" bien podría ser "sintetizar" en términos de dirección; sin embargo, definido por el mecanismo, no lo es (es el primero en entrar, el ADN, el primero en salir, el ARN, "nada en la tienda"). Nuevamente, de alguna manera sorprendente, para ser específicos: en términos de dirección, la lectura podría ser, pero no es una síntesis.

"Oración 2:

¿Cuál es la diferencia entre sintetizar y transcribir?"

La oración 2 no usa la palabra transcribir. En el contexto de la oración 2, sintetizar y transcribir son sinónimos.

"Oración 3:

¿No contradijo esto la oración 2?"

La oración 3 no explica preliminarmente lo que explica la oración 4, la siguiente: "... cada promotor... indica en qué dirección se moverá la ARN polimerasa a lo largo del ADN". Por lo tanto, la oración 3 no parece "aclarar" la ambigüedad de la oración 2 que radica en la cuestión de la "dirección". La palabra "dirección" en la oración dos no aclara cómo "dirección" se relaciona con el concepto de dirección que el autor usa en la oración 1. Un gen específico define "cualquier" dirección (sobre la cual escribió en alguna respuesta suya ).*

"Oración 4:

Si la ARN polimerasa se recluta en un sitio y se dirige a "moverse a lo largo" del ADN, ¿qué está haciendo cuando "se mueve" (leyendo? ¿sintetizando? transcribiendo? ¿qué diablos?)".

Transcribe (término más general) leyendo (la plantilla/antisentido) el ADN y sintetizando el ARN (cp. Respuesta en la oración 1 anterior) en consecuencia, primero en entrar, primero en salir, el alargamiento primero se convierte en el último (no hay memoria).

"Oración 5:

Tengo entendido que esta es la "hebra transcrita", no la "hebra codificante" del ADN, ¿correcto?"

Correcto.