En la mayoría de las explicaciones, las secciones de ARN eliminadas durante el empalme se denominan intrones, y los segmentos restantes que se unen se denominan exones. Es decir, los intrones y los exones se definen en términos del proceso de empalme.
Pero me he encontrado con varios contraejemplos. Por ejemplo:
De Una respuesta simple para un enigma de empalme :
Los exones sin estos elementos [potenciadores del empalme exónico (ESE)] generalmente no se reconocen y tienden a ser excluidos del ARNm maduro.
Y de Wikipedia sobre empalme alternativo :
Retención de intrones: una secuencia puede dividirse como un intrón o simplemente retenerse...
¿En qué sentido un exón sigue siendo un exón (y no un intrón) si tiende a ser excluido del ARNm? ¿En qué sentido un intrón es un intrón si está incluido en un ARNm empalmado alternativamente?
Debes saberlo:
Los intrones son regiones no codificantes de un transcrito de ARN, o del ADN que lo codifica, que se eliminan mediante corte y empalme antes de la traducción.
Un exón es cualquier parte de un gen que codificará una parte del ARN maduro final producido por ese gen después de que se hayan eliminado los intrones mediante el corte y empalme del ARN.
Ahora, sobre las excepciones, empalme alternativo : Aquí,
exones particulares de un gen pueden incluirse o excluirse del ARN mensajero (ARNm) procesado final producido a partir de ese gen. Se observan numerosos modos de corte y empalme alternativo, de los cuales el más común es la omisión de exón. En este modo, un exón particular puede incluirse en mRNAs bajo algunas condiciones o en tejidos particulares, y omitirse del mRNA en otros.
Aparentemente, esto aumenta mucho la biodiversidad de las proteínas (ya que hay diferencias en su secuencia de aminoácidos y, a menudo, en sus funciones biológicas) lo que podría explicar por qué es tan común.
Entonces, en este caso, se vuelve más fácil de entender si usa 'codificación' y no codificación' como la diferencia en lugar de 'empalmado' y 'no empalmado'.
EDITAR- La región codificante de un gen:
En el ADN, la región codificante está flanqueada por la secuencia promotora en el extremo 5' de la cadena molde y la secuencia de terminación en el extremo 3'. Aunque este término a veces también se usa indistintamente con exón, no es exactamente lo mismo: el exón está compuesto por la región codificante, así como por las regiones no traducidas 3' y 5' del ARN, por lo tanto, un exón sería parcialmente formado por regiones codificantes. Las regiones no traducidas 3' y 5' del ARN, que no codifican proteínas, se denominan regiones no codificantes.
Anteriormente me había olvidado de los UTR, así que lo he incluido. Ahora bien, si hay una secuencia definida en la que se encuentran las regiones de codificación, indica el hecho de que las regiones de codificación deben ser intrínsecas. Otro punto a favor:
La evidencia sugiere que existe una interdependencia general entre los patrones de composición de base y la disponibilidad de la región de codificación. Se cree que la región de codificación contiene un contenido de GC más alto que las regiones no codificantes. Hay más investigaciones que descubrieron que cuanto más larga es la cadena de codificación, mayor es el contenido de GC. Las hebras de codificación cortas siguen siendo comparativamente pobres en GC, similar al bajo contenido de GC de los codones de terminación de la traducción de la composición de bases como TAG, TAA y TGA.
David