Lo que quiero averiguar es el comienzo de la transcripción de un gen específico, cuánto dura la UTR antes de que comience la secuencia de codificación real.
He buscado en varias bases de datos como NCBI Gene, Refseq o una especializada como PRODORIC. Pero ninguno de ellos contiene realmente la secuencia del ARNm ni ninguna información sobre las partes no traducidas del ARNm. Solo la secuencia de codificación en sí.
¿Ese tipo de información simplemente no está anotado para muchas bacterias? No estoy buscando organismos modelo como E. Coli o B. subtilis, pero hubiera esperado que hubiera alguna información disponible.
¿Existe una base de datos donde pueda encontrar las secuencias de transcripción reales de los genes procarióticos?
Agregue esto a su consulta NCBI: AND mrna[filter]
Si no está disponible en las principales bases de datos, es posible que no se sepa.
Sin embargo, los datos de ARNm pueden ser difíciles de encontrar incluso en las principales bases de datos, pero deberían estar allí. Me sorprendería si ese fuera el caso, sin embargo, dado que no está trabajando con organismos modelo, es posible que no haya nada disponible.
Al buscar un gen de transcripción, NCBI tiene algunos consejos que puede ver aquí para buscar en su base de datos . El #8 podría ser relevante para usted, ya que es una forma de filtrar exclusivamente registros de ARNm.
Si no hay un grupo UniGene para este gen y organismo, realice una búsqueda en la base de datos de nucleótidos con el nombre del gen, el nombre del producto o el símbolo. Incluya el organismo en la búsqueda para encontrar los resultados más relevantes y filtre por secuencias de transcripción, por ejemplo:
Cytochrome c AND bullfrog[orgn] AND mrna[filter].
Básico: herramienta de traducción de ADN ExPasy
Avanzado: Regna 2
Suponiendo que las consultas avanzadas no revelen lo que necesita, es posible que pueda hacer algunas predicciones útiles antes de llevarlo al laboratorio. Hay un puñado de otras herramientas predictivas que tal vez puedan ayudarlo si esa es la única opción disponible. No puedo entender exactamente qué información tiene como entrada. Suponiendo que tenga la secuencia de ADN, comenzaría con la opción obvia: la herramienta de traducción de ADN ExPasy .
Entonces diría que regrna 2 podría guiarlo en la dirección correcta con respecto a elementos de traducción más sutiles.
resonante