Búsqueda de interacciones proteína-proteína

Usé STRING db para encontrar todas las interacciones de la proteína precursora APP. Lo que necesito específicamente es una confirmación (respaldada por algún artículo y experimentos en él). Pero una cantidad significativa de interactuadores solo tienen confirmación de "Base de datos" (principalmente retransmitiendo datos de Reactome y KEGG). La búsqueda en estos db no me da ningún artículo ni siquiera la presencia de estas proteínas en una vía (lo que es extraño). ¿Cómo puedo obtener los datos? ¡Gracias de antemano!

¿Podría agregar el identificador KEGG específico?
@James ¿Como ejemplo de alguna proteína?
Hay varias razones por las que es posible que no pueda encontrar las referencias. Es posible que no sepa lo que está buscando o que la proteína específica no esté referenciada. Sería útil comenzar con su ejemplo y trabajar desde allí.

Respuestas (2)

Puede intentar usar la base de datos de interacción molecular IntAct . Los datos de esta base de datos se basan en:

  • datos de la literatura o de deposiciones directas de datos por curadores expertos
  • <300k interacciones binarias en 2011 desarrolladas por el Equipo de Servicios de Proteómica de EBI
  • referencia reciente: Aranda et al. '10

Esto también se menciona en el resumen del artículo de Aranda et al.'10:

IntAct es una base de datos y un conjunto de herramientas de interacción molecular de datos abiertos y de código abierto. Los datos se extraen de la literatura o de las deposiciones directas de datos por curadores expertos siguiendo un modelo de anotación profunda que proporciona un alto nivel de detalle. A partir de septiembre de 2009, IntAct contiene más de 200.000 evidencias de interacción binaria seleccionadas. En respuesta al creciente volumen de datos y solicitudes de los usuarios, IntAct ahora ofrece una vista de dos niveles de los datos de interacción. La interfaz de búsqueda permite al usuario desarrollar consultas complejas de manera iterativa, explotando la anotación detallada con vocabularios controlados jerárquicamente. Los resultados se proporcionan en cualquier etapa en una vista tabular simplificada. Las vistas especializadas permiten "acercar" la anotación completa de las interacciones, los interactores y sus propiedades. El código fuente y los datos de IntAct están disponibles gratuitamente

Además, puede usar la Evidencepestaña en Cadena ( supongo que ya ha probado esto, pero en el caso de que no lo haya hecho ): luego puede hacer clic en , luego aparecerá algo como esto: Puede ver cómo (por ejemplo, ensayo complejo reconstituido) y puede ver de qué artículo proviene esta interacción si hace clic en un elemento de la tabla:
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Experimentsingrese la descripción de la imagen aquí

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La base de datos STRING muestra la red de interacción proteína-proteína y los puntajes según la presencia y ausencia de verificación experimental que puede ser ensayo de proteasa, coinmunoprecipitación de cebo, ensayo occidental, etc.

si necesita más confirmación, debe leer la mayor cantidad posible de artículos relacionados con la aplicación.

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