¿Cuáles son las diferencias entre las bases de datos HPRD y BIOGRID?

Respuesta corta

En pocas palabras, hay dos diferencias principales:

• Gama de especies: BioGRID integra datos de interacción proteína-proteína (PPI) de múltiples especies, mientras que HPRD se centra principalmente en datos humanos .

• Funcionalidad: HPRD tiene algunas herramientas GUI que pueden interactuar directamente con su base de datos (por ejemplo, BLAST, para buscar proteínas y sus socios de unión a través de la alineación de secuencias), mientras que BioGRID es principalmente una base de datos.

Respuesta larga

En negrita están las características únicas de cada base de datos.

Acerca de HPRD:

La base de datos de referencia de proteínas humanas representa una plataforma centralizada para representar visualmente e integrar información relacionada con la arquitectura del dominio, las modificaciones posteriores a la traducción, las redes de interacción y la asociación de enfermedades para cada proteína en el proteoma humano . Toda la información en HPRD ha sido extraída manualmente de la literatura por biólogos expertos que leen, interpretan y analizan los datos publicados. HPRD se ha creado utilizando una base de datos orientada a objetos en Zope, un servidor de aplicaciones web de código abierto, que proporciona versatilidad en las funciones de consulta y permite que los datos se muestren de forma dinámica.

Preguntas frecuentes HPRD: ¿Por qué decidió desarrollar otra base de datos en lugar de integrar otras bases de datos existentes?" Creemos que las bases de datos biológicas aún se encuentran en sus primeras etapas y ninguna base de datos de proteínas puede considerarse como un estándar establecido. Creemos que una variedad de bases de datos tratar de resolver problemas de diversas maneras brinda a los biólogos la posibilidad de elegir su favorito. Nuestro enfoque es radicalmente diferente de las bases de datos existentes y queremos ofrecer a los biólogos la posibilidad de elegir en lugar de imponer una base de datos por defecto. Además, la mayoría de las bases de datos son automatizado y el nuestro es curado manualmente para evitar errores También estamos tratando de proporcionar información que pocas otras bases de datos proporcionan .

Acerca de la biored:

El Repositorio General Biológico para Conjuntos de Datos de Interacción (BioGRID) es una base de datos pública que archiva y difunde datos de interacción genética y de proteínas de organismos modelo y humanos (thebiogrid.org). Actualmente, BioGRID tiene más de 720 000 interacciones seleccionadas tanto de conjuntos de datos de alto rendimiento como de estudios enfocados individualmente , derivados de más de 41 000 publicaciones en la literatura primaria. Se mantiene una cobertura completa de toda la literatura para la levadura de gemación (S. cerevisiae) , la levadura de fisión (S. pombe) y el berro thale (A. thaliana), y se están realizando esfuerzos para expandir la curación a través de múltiples especies de metazoos. Las campañas actuales de curación se centran en áreas particulares de la biología para permitir la comprensión de las redes y vías conservadas que son relevantes para la salud humana . La interfaz web de BioGRID 3.2 contiene nuevas funciones de búsqueda y visualización que permiten consultas rápidas en múltiples tipos de datos y fuentes. BioGRID proporciona datos de interacción a varias bases de datos de organismos modelo, recursos como Entrez-Gene, SGD, TAIR, FlyBase y otras metabases de datos de interacción. Toda la recopilación de datos de BioGRID 3.2 se puede descargar en múltiples formatos de archivo, incluido PSI MI XML compatible con IMEx.Para los desarrolladores, las interacciones de BioGRID también están disponibles a través de un servicio web basado en REST y un complemento de Cytoscape. Toda la documentación de BioGRID está disponible en línea en BioGRID Wiki.