¿Los epitubos de 0,2 y 0,5 ml requieren diferentes máquinas de PCR, incubadoras, etc.?

La propia Eppendorf y muchas otras empresas enumeran en su sitio web dos tamaños de "tubos de PCR" mencionados anteriormente. Según tengo entendido, 0,2 ml es mucho más generalizado y "estándar" para PCR, entonces, ¿fabrican máquinas diferentes para tubos de 0,5 ml o los tubos de 0,5 ml encajan en orificios de 0,2 ml? Además, ¿qué pasa con las incubadoras y otros equipos biológicos que contienen epitubos?

Edite la pregunta para limitarla a un problema específico con suficientes detalles para identificar una respuesta adecuada.
Siempre he hecho reacciones de PCR y qPCR en tubos de 0,2 ml, no conozco ningún bloque diseñado para 0,5 ml, pero es posible que existan. Pero hay otros factores de forma a los que debe prestar atención. Algunos (pero no todos) los cicladores de qPCR están hechos para funcionar solo con tubos de PCR de bajo perfil. Algunas máquinas más antiguas solo pueden usar tubos de perfil alto (estándar), pero hay adaptadores disponibles. Algunos fabricantes incluso han ideado flujos de trabajo de múltiples instrumentos que requieren ambos. También debe prestar atención al color del tubo si está haciendo qPCR (en caso de duda, quédese con el transparente) y bordeando placas de 96 pocillos.

Respuestas (2)

Las respuestas son sí y no.

Muchas máquinas de PCR vienen con el bloque diseñado para albergar tubos de 0,2 y 0,5 ml (p. ej., este de Eppendorf**), o con bloques intercambiables (p. ej., Bio-Rad C1000**), esto depende del fabricante, el instrumento que está buscando usar y las especificaciones que está buscando. Para algunas máquinas, como las de qPCR, no tiene ningún sentido tener orificios para tubos de 0,5 ml, ya que casi todos los ensayos se realizarán en placas de 96 pocillos de 0,2 ml o placas de 384 pocillos (0,02 ml; con un bloque diferente diseñado para sostener estas placas). Una gran parte de si puede usar diferentes tubos en diferentes máquinas de PCR se debe a cómo se cierra la tapa (calentada): si el bloque es para tubos de 0,5 ml, entonces la tapa no bajará lo suficiente para tubos de 0,2 ml, a menos que es ajustable Por el contrario, si está configurada para tubos de 0,2 ml, la tapa bajará demasiado para los tubos de 0,5 ml, deformándolos y potencialmente dañando la máquina también.

Las incubadoras de temperatura estática, como los termomezcladores (marca Eppendorf**) a menudo solo vienen en un tamaño de tubo (por ejemplo, Eppendorf ThermoMixer F ), pero hay termomezcladores que vienen con soportes de tubo intercambiables (como el ThermoMixer C ), con cualquier tamaño entre 0,5 ml y Orificios para tubos de 50 ml e incluso portaplacas.

Para los bastidores de tubos, depende nuevamente: algunos lo hacen, otros no. Muchas gradillas de tubos de 1,5 ml se pueden voltear para exponer los orificios de los tubos de 0,5 ml, pero depende de la marca. Sin duda, puede comprar gradillas para tubos de 0,2 ml (generalmente en formato de 96 pocillos), pero las cajas de puntas de 10 ul - 200 ul también funcionan bien para este propósito. Los tubos de 0,5 ml caben en gradillas de 0,2 ml, pero serán inestables y no podrá empaquetar los tubos tan densamente como los tubos de 0,2 ml.

** No tengo afiliación con Eppendorf, Bio-Rad ni con ninguna otra marca y no respaldo ni insinúo respaldo a través de esta publicación. Tampoco vendo ni distribuyo ningún producto, simplemente soy un usuario final.

Aquí hay una foto de arriba hacia abajo del bloque de calentamiento de un Eppendorf 6331 Nexus Gradient MasterCycler ( fuente ):

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La mayoría de los termocicladores Eppendorf modernos tienen un bloque similar.

¿Son esos súper pequeños para tubos de 0.02 ml que menciona @bob1?
@beardeadclown no. cuente los orificios superpequeños y notará que son mucho menos de 384. Las placas con un volumen más pequeño por tubo tienen una mayor densidad, ya que dividen las posiciones en 4 más pequeños cuando van de grueso a más fino
@masterX244 Lo siento, no entendí nada de eso. ¿Cuál es el significado del número 384? Las placas, supongo, significan soportes para tubos, gruesos de 0,5 ml y más finos de 0,2 ml, y densidad significa orificios por área, pero no puedo ver en qué posiciones se dividen esos orificios súper pequeños en 4 más pequeños. Además, ¿para qué son esos 6 agujeros planos?
@beardeadclown 384=4x96. Cada "posición" se divide en 4 más pequeñas al aumentar la densidad de la placa (excepto cuando se pasa de una placa de cuenca que es 1x1). Los pasos son 6, 24, 96, 384, 1536 en las placas estándar que tienen todas el mismo tamaño. Y supongo que los 6 agujeros planos se deben a razones técnicas.
@beardeadclown Me imagino que los agujeros más pequeños son para acomodar la expansión y contracción del bloque a medida que se calienta/enfría rápidamente. No estoy seguro de para qué son los seis agujeros más grandes, pero no creo que estén destinados a sostener tubos.
@ masterX244 Creo que estoy empezando a entender. ¿Hay algún recurso disponible gratuitamente donde pueda obtener más información sobre las placas y los tubos estándar de PCR, sus dimensiones, diseño y especificaciones técnicas?
Puede comenzar hojeando folletos de Eppendorf y otros fabricantes.
¿Los epitubos de 0,2 y 0,5 ml requieren diferentes máquinas de PCR, incubadoras, etc.?
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