Hoja de referencia de biología de proteínas

Estoy buscando una hoja de trucos para la biología de proteínas para pegarla en mi escritorio para recordar algunos de los principios clave de la biología de proteínas. Me parece recordar los principios específicos y complejos de la biología de las proteínas, pero a expensas de los conceptos básicos.

¿Alguien puede señalarme una hoja de trucos de biología de proteínas o formular algunas sugerencias para seguir una?

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Lo que estoy buscando:

  • Cantidad de aminoácidos en un giro de hélice
  • Aminoácidos típicamente encontrados en hojas Beta y Helices
  • Los tipos de interacciones proteicas (es decir, iónicas, hidrófobas) y los aminoácidos normalmente implicados.
  • Definición de forma globular y fibrosa.
  • Tipos de modificaciones postraduccionales
  • Cualquier otra característica útil
Bienvenido a Biología.SE. Esta pregunta puede ser demasiado vaga para ser razonablemente respondida aquí. Sugeriría comenzar a leer un libro de texto de biología molecular o celular de nivel básico. Tal vez podría reducir más específicamente en qué subconjunto de la química de las proteínas está buscando una hoja de trucos. Por ejemplo, propiedades de aminoácidos, clases de estructuras y funciones de proteínas, modificación postraduccional.
Relacionado: un amigo mío creó esta tabla periódica de aminoácidos . El original está en italiano, pero se adjunta una traducción al inglés al final de esa publicación del foro. Además, las fuentes svg están disponibles y están bajo una licencia BY-NC-SA CC para que pueda modificarlo/ampliarlo a su gusto.

Respuestas (3)

Para el 95 % del trabajo que hago con proteínas, encuentro este gráfico muy útil, que muestra modificaciones postraduccionales comunes, para cada aminoácido, con pesos moleculares, codones asociados, valores de pKa, códigos de aminoácidos de 1 y 3 letras, estructura química y propiedades químicas (polares, no polares, aromáticas, ácidas, básicas).

Creo que esta es una pregunta sobre qué más debería haber en una hoja de trucos de proteínas.

Si es inteligente, puede formatear esto para tener una densidad de información muy alta. Un buen proyecto.

Aquí está mi lista, aunque nunca hice una hoja. También tiendo a estar interesado en la estructura de las proteínas, por lo que aquí hay un sesgo.

  • La frecuencia de los aminoácidos en digamos e coli o el PDB
  • El peso molecular promedio de un aminoácido (~110 daltons)
  • ancho promedio de la columna vertebral de una hoja (5 x 6 Ang) y hélice (12 Ang.) El surco principal de DNA también es de 12 Ang por cierto.
  • aminoácidos comunes no estándar (ornitina, seleniomet, etc.).
  • modificaciones postraduccionales comunes (p. ej., fosforilación T/Y)
  • estructura secundaria común no estándar (3-10 hélices, etc.) o un pequeño diagrama de ramachandran
  • pKas de aminoácidos - recuerde que la carga se define a pH 7
  • el código genético

Para las propensiones alfa/beta, usaría los números de chou-fasman. Es molesto porque hay algunos aminoácidos en ambas listas.

Intentaré pensar en más y agregar más tarde...

Puede encontrar la respuesta en cualquier libro de texto de bioquímica de nivel universitario.

Le recomendaría Principios de bioquímica de Lehninger , si pudiera encontrarlo en la biblioteca de su universidad.

Hojee la lista de contenido, busque los capítulos correspondientes y anótelos. No te llevará varias horas.

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