Tengo dos listas de proteínas (incluidas las formas fosforiladas). Quiero determinar qué miembros de cada lista actúan sobre qué miembros de la otra lista. ¿Qué recursos en línea existen para averiguar a qué se une una proteína determinada o con qué interactúa?
Conozco Uniprot y Phosphosite , que han resultado útiles, pero me pregunto si hay otros que desconozco.
Nuevamente: la pregunta que estoy tratando de responder es "¿qué proteínas de la lista A interactúan con las proteínas de la lista B y viceversa?"
Vaya al sitio de la base de datos NAR y busque bases de datos de dominios de proteínas. Tienes múltiples opciones. Aquí está el enlace .
STRING es una herramienta disponible http://string-db.org/ y le permite hacer múltiples secuencias/nombres. También echaría un vistazo en profundidad a lo que expasy tiene para ofrecer http://www.expasy.org/proteomics . Es una gran colección de herramientas bioinformáticas (demasiadas para mí) y casi siempre tiene la herramienta que desea.
(Como nota al margen, Expasy también tiene herramientas en genómica, bioinformática estructural y muchas más, consulte las pestañas de la izquierda en el sitio web para ver la lista completa).
teléfono