Me gustaría saber si existe un ensayo que nos permita analizar una proteína antes de que haya asumido su forma funcional 3D. Mientras estudiaba biología estructural, solo llegué a conocer las fuerzas que estabilizan la estructura, pero no la brecha entre la espiral aleatoria original y la proteína en su forma nativa.
Teóricamente por modelado molecular -- vea los trabajos de Harold Scheraga: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Harold+Scheraga%5BAuthor%5D
Nota: una proteína desplegada no es una espiral aleatoria.
Fitzkee & Rose (2004) PNAS 101:12497-12502; énfasis mío:
las proteínas desnaturalizadas están sesgadas hacia conformaciones específicas , en conflicto con el modelo de bobina aleatoria
Esto es difícil. Debe utilizar métodos de flujo detenido (CD, fluorescencia, RMN) o métodos de molécula única. ¿Qué quieres saber exactamente sobre la proteína? Quiero decir, sería difícil obtener la estructura 3D completa y precisa, ya que no se puede cristalizar un intermedio. Aparte de eso, si tiene una simulación de plegamiento precisa para esa proteína, por supuesto puede ver cuáles son los intermediarios comunes. Estoy seguro de que si tiene los algoritmos de plegamiento de proteínas de Rosetta, conoce la estructura final, puede calcular los intermedios probables con cierta precisión. Entonces, es posible que pueda usar métodos de flujo detenido para tratar de rechazar esos hallazgos. Si eso falla, es posible que pueda presentar un caso convincente de que encontró esos intermediarios.
canadiense
CKM