¿Diferencias entre motivos proteicos y dominios proteicos?

Estos son conceptos completamente diferentes, que a veces pueden estar conectados.

Un motivo en biología es un modelo matemático, típicamente de una secuencia, que predice qué secuencias pertenecen a un grupo definido. Por ejemplo, un motivo de secuencia de ADN puede caracterizar el sitio de unión de un factor de transcripción, es decir, qué secuencias tienden a unirse a este factor. Para las proteínas, los motivos de secuencia pueden caracterizar qué proteínas (secuencias de proteínas) pertenecen a una familia de proteínas determinada. Un motivo simple podría ser, por ejemplo, algún patrón estrictamente compartido por todos los miembros del grupo, por ejemplo, WTRXEKXXY (donde X representa cualquier aminoácido). También hay modelos de motivos más complejos.

Los dominios de proteínas, por otro lado, son una entidad estructural, lo que generalmente significa una parte de la estructura de la proteína que se pliega y funciona de forma independiente. Por lo tanto, las proteínas a menudo se construyen a partir de diferentes combinaciones de estos dominios.

Entonces, ¿cómo se relacionan los motivos y los dominios? Bueno, cuando piensas en familias de proteínas, tiene sentido no solo mirar la secuencia completa sino también enfocarte en dominios individuales. Dado que son unidades estructurales funcionales elementales, tiene sentido encontrar motivos de secuencia para dominios individuales. Entonces, a menudo encuentras que una proteína contiene múltiples dominios, cada dominio caracterizado por tener una secuencia que coincide con el motivo de su familia.

La principal diferencia es que los dominios son independientemente estables, mientras que los motivos no lo son.

Aquí hay un poco de motivos: http://www.sinauer.com/pdf/nsp-protein-1-16.pdf

Un motivo puede ser parte de un dominio. Desde allí:

El segundo uso, igualmente común, del término motivo se refiere a un conjunto de elementos de estructura secundaria contiguos que tienen un significado funcional particular o definen una porción de un dominio plegado de forma independiente .

Ampliando el comentario hecho por @WYSIWYG, un motivo es solo un patrón . Para las proteínas, este patrón puede referirse a una cadena de aminoácidos, un motivo de secuencia , o la conformación e interacción de residuos en el espacio, un motivo estructural tridimensional .

Es importante calificar el término 'motivo' para indicar con precisión lo que se quiere decir.

Motivos de secuencia

Un buen ejemplo es el motivo de unión de ATP :

GXXGXFKS(o T)

Esto ilustra que no es necesario especificar todas las posiciones (X) y que en algunas posiciones pueden ocurrir alternativas (S o T).

Motivos estructurales

Un tipo de motivo estructural implica pequeñas estructuras unidas por hidrógeno , como protuberancias beta, bucles de Schellman y giros beta. Se ilustra un giro beta :

Puede definirse simplemente como "Un motivo de cuatro residuos consecutivos y un enlace H en el que se produce un enlace H entre la cadena principal CO del residuo 1 y la cadena principal NH del residuo 4". Alternativamente, las subcategorías se pueden definir en términos de los ángulos diedros en los residuos 2 y 3.

Una vez que la cadena peptídica de una proteína se ha organizado en tramos sucesivos de elementos secundarios, las combinaciones de dichos elementos se organizan primero en grupos distintivos denominados motivos supersecundarios. Varios elementos secundarios vecinos y motivos supersecundarios se pliegan y retuercen aún más en un cúmulo globular compacto llamado dominio.