Encontrar un método fácil y económico para teñir dNTP

Puede haber tal tinte, pero no estoy al tanto. La forma estándar de medir los dNTP y los ácidos nucleicos en general es mediante la absorbancia a 260 nm. Este artículo tiene una tabla de coeficientes de extinción molar para dNTP (Tabla 10.2). Ellos son

        wavelength      molar extinction coefficient
dATP    259 nm          15,200
dCTP    280 nm          13,100
dGTP    253 nm          13,700
dTTP    267 nm           9,600

En la práctica, para el trabajo de rutina con ADN, puede usar 260 nm y asumir que una absorbancia de 1 corresponde a [ADN] = 50 µg ml ^-1 . Utilizando un promedio de los valores de la tabla, y sin tener en cuenta el hecho de que en realidad se encuentran en diferentes longitudes de onda, y utilizando un dNTP promedio aproximado de 500, calculo una absorbancia para una solución de 50 µg ml -1 de los 4 dNTP ^como 1,3 , por lo que es un acuerdo razonable dadas todas las suposiciones que he hecho.

Hay tintes fluorescentes que se pueden usar para medir el ADN, pero dependen de la presencia de bases apiladas, por lo que no son útiles para los dNTP libres.

Entonces, malas noticias si no tiene un espectrofotómetro UV. Hay planes disponibles para la construcción de espectrofotómetros simples utilizando Lego y algunos componentes optoelectrónicos. Estos tienden a usar LED como fuente de luz, pero no sé si hay LED UV disponibles.

Será difícil lograr el nivel de resolución de longitud de onda requerido para diferenciar los dNTP, considerando que está haciendo un experimento de bricolaje. Solo los espectrofotómetros muy precisos pueden lograrlo y son costosos.

Otra técnica que puede probar es la cromatografía en capa fina (TLC) . Es barato y puedes hacer fácilmente un bricolaje. Pero necesita estándares para diferenciar NTP, NDP y NMP; los dos últimos pueden surgir debido a la degradación durante el experimento. La gente generalmente usa un cóctel de antioxidantes y protectores para minimizar la degradación de los nucleótidos.

Una estrategia para hacer esto es eliminar el fosfato usando fosfatasa y luego hacer una TLC con nucleósidos (que son bastante estables).

Puede consultar esta revisión en TLC de ácido nucleico.