Las proteínas migran de manera diferente en los geles Bis-Tris y Tris-Glycine. Tenía curiosidad acerca de las razones reales por las cuales. ¿Ciertos sistemas de gel dan como resultado una resolución más estricta que otros?
El sistema SDS PAGE se basa en el hecho de que la proteína está desnaturalizada y rodeada por la micela detergente cargada negativamente SDS. Esto elimina la mayor parte de las diferencias de carga y solubilidad idiosincrásica de una proteína a otra y proporciona una separación razonable basada solo en el tamaño de la proteína que está relacionado con el tamaño de la micela SDS alrededor de cada molécula.
Los tampones Bis-Tris y Tris-glicina tienen características de protección de carga bastante diferentes. Bis (también conocido como 2-[Bis(2-hidroxietil)amino]-2-(hidroximetil)-1,3-propanodiol) tiene una amina terciaria con un pKa de 6,46 y un pKb de 7,54. la glicina es un zwitterión a cualquier pH entre 2,3 y 9,6. Esto crea una diferencia en la forma en que el búfer protege las micelas SDS PAGE del resto del campo eléctrico, ralentizando (probablemente la glicina ralentiza un poco las cosas) el tiempo de resolución, pero también dando a las micelas más tiempo para migrar.
Entonces, para los sistemas SDS PAGE, la resolución del gel tiene al menos tanto que ver con el tamaño de los poros del gel (basado en los porcentajes de acrilamida y bis-acrilamida), la cantidad de proteína que está poniendo en un volumen dado de carga bueno, y las diferencias de tamaño de las bandas que estás atando para separar. (tiene que tener bastante suerte para separar una banda de 100,54 kda de una banda de 100,85 kDa, pero de 1,5 a 1,8 kDa es más fácil, de 10 a 14 kDa es aún más fácil). Considere también ajustar la corriente o el voltaje de la fuente de alimentación. El sistema de amortiguamiento es solo una consideración en la planificación de su experimento y, a menudo, no es el factor principal de calidad.