Mi libro sigue dando diferentes indicadores sobre si los promotores están en el hilo de codificación o de plantilla.
Dice que la región -35 en procariotas debe estar en la cadena de codificación. También menciona que las regiones -10 y -35 son sitios de unión para la ARN polimerasa.
También dice que CAAT y GC, a diferencia de -35 en procariotas, también pueden estar en la hebra molde. Lo que implica que todavía son más comunes en la cadena de codificación. Y luego me muestra una figura, donde se muestra una secuencia promotora en la hebra molde, con el complejo de transcripción adjunto.
Todas las secuencias se escriben 5'-TATAAA-3' (por ejemplo). Esto también implica que están en la hebra codificante, ya que la hebra plantilla será 3'->5', que es la dirección en la que ocurre la transcripción.
Obviamente estoy confundido, y espero que alguien pueda aclarar esto. ¿En qué hebra puedo encontrar los promotores? ¿Las cosas actúan sobre la propia secuencia promotora o sobre su secuencia complementaria? Si el promotor también puede estar en la otra hebra, ¿debería invertirse?
La respuesta a esta pregunta depende de la definición de la palabra "promotor".
En el modelo más simple posible de transcripción procariótica, el promotor es el sitio donde la ARN polimerasa se une al ADN antes de iniciar la síntesis de ARN. En este proceso, el factor σ reconoce los elementos promotores centrales que dirigen a la polimerasa para que se una al ADN y forme el complejo cerrado. El siguiente paso es el cambio al complejo abierto que implica la separación de las hebras de ADN.
Los artículos que describen la investigación de la interacción del factor σ con el ADN (por ejemplo , aquí ) se refieren a la proteína que hace contactos con pares de bases. Por lo tanto, concluyo que la pregunta original no tiene sentido: un promotor es una entidad de dsDNA aunque podamos describirlo en términos de la secuencia en una u otra de esas cadenas. Entonces, por ejemplo, en un promotor, la secuencia consenso -35 - 5'-TTGACA - estaría presente en la cadena codificante (aguas arriba de la secuencia codificante), pero la propiedad promotora de la secuencia se debe a la presencia de esta secuencia y su complemento en la otra hebra.
El promotor no se encuentra en ninguna parte... simplemente está presente ... el factor de transcripción se encuentra en él: P
Bromas aparte ... Agregando un poco más de información a la respuesta de Alan Boyd:
Como señala Alan Boyd, los términos codificación o plantilla se refieren a la región que se transcribe. Por lo general, los factores de transcripción (TF) que se unen al ADN tienen un dominio de unión al ADNdc y, por lo tanto, se unen a ambas cadenas. Sin embargo, los dominios de reconocimiento de secuencias son específicos y generalmente escanean el ADN , reclutando5'-> 3'
posteriormente ARN-polimerasa en la misma orientación. Pero hay aspectos adicionales a esto:
cris
alan boyd
cris
pedro bernardo
pedro bernardo
pedro bernardo