¿Dónde están los Puertos Grises?

no, esto es correcto

Los Puertos Grises son donde Círdan mantiene los barcos élficos que viajan por el mar. Esto también se menciona algunas veces en el texto; por ejemplo (énfasis mío):

Y he oído decir que los elfos se están moviendo hacia el oeste. Dicen que van a los puertos, más allá de las Torres Blancas. Sam agitó vagamente el brazo: ni él ni ninguno de ellos sabían a qué distancia del mar había más allá de las viejas torres, más allá de los límites occidentales de la Comarca. Pero era una vieja tradición que allá lejos se encontraban los Puertos Grises, desde donde a veces zarpaban barcos élficos para no volver jamás .

^{Fellowship of the Ring Libro I Capítulo 2: "La sombra del pasado"}

Es posible que estés confundiendo los Puertos Grises con Alqualondë, el puerto de los Teleri en las costas de Aman:

[M]uchísimas perlas que ganaron para sí del mar, y sus salones eran de perlas, y de perlas eran las mansiones de Olwë en Alqualondë, el Puerto de los Cisnes, iluminadas con muchas lámparas. Porque esa era su ciudad, y el puerto de sus naves; y éstos estaban hechos a semejanza de cisnes, con picos de oro y ojos de oro y azabache.

^{El Silmarillion III Quenta Silmarillion Capítulo 5: "De Eldamar y los Príncipes de Eldalië"}

Alqualondë se encuentra de hecho en un continente separado de la Tierra Media, aunque esto solo es cierto hasta la caída de Númenor a mediados de la Segunda Edad; después de eso, Aman se elimina del mundo y se parece más a un planeta separado que a un continente separado. Pero estos dos paraísos no son el mismo lugar.

También puede confundirse con Falas, la base de operaciones de Círdan en la Primera Edad, que también se describe como "Refugios":

[L]aquí también acudió un gran número de Elfos Grises, vagabundos de los bosques de Beleriand y gente de los Puertos, con Círdan, su señor.

^{El Silmarillion III Quenta Silmarillion Capítulo 13: "Del Regreso de los Noldor"}

Los Puertos de Falas estaban en Beleriand, que era una región al oeste de la Tierra Media; aunque no era un continente, estaba bastante lejos de la Comarca, pero Beleriand (y, por lo tanto, Falas) fueron destruidos al final de la Primera Edad y se hundieron en el mar.