¿Cuál es la diferencia entre polimorfismo de nucleótido único (SNP), mutación y variación estructural (SV)?

Esta es una pregunta que atormenta a muchas personas y hoy me la estaba preguntando mientras escribía una subvención. De hecho, he visto a muchas personas usar los términos indistintamente, pero todos son muy diferentes entre sí.

Entonces, ¿cuál es la diferencia entre SNP, mutaciones y variaciones estructurales?

Siempre es una buena idea empezar a buscar en Google y presentar algunos resultados en la pregunta. luego pase a pedir aclaraciones,m en lugar de pedir definiciones.

Respuestas (1)

Indiquemos primero qué es una mutación.

Mutación: una mutación es cualquier cambio en la secuencia genética de un organismo que varíe de la secuencia de referencia de tipo salvaje (hg19/GrCH37 de 2009 o hg38/GrCH38 de 2013, que son el ensamblaje del genoma más actual).

Polimorfismos de nucleótido único (SNP): se trata de cualquier mutación de base de nucleótido único que se ha validado para estar presente en más del 1% de la población con la ayuda de estudios de asociación de todo el genoma.

Variaciones estructurales: Son mutaciones que provocan un cambio en la estructura cromosómica del organismo, como inserciones, deleciones, variaciones en el número de copias, duplicaciones, inversiones y translocaciones.

Para obtener más información, lea el enlace Wiki aquí.


Gracias a WYSIWYG por su interesante pregunta sobre los SNP.

Esto despertó un poco mi interés y, para mi sorpresa, descubrí que lo mismo se aplica a todas las demás especies, por ejemplo, los pollos; Este documento de 2002 describe cómo la extracción de EST a veces se usaba para generar SNP potenciales, pero también señala los posibles falsos positivos debido a la posibilidad de la edición de ARN.

Este documento describe el uso de SNP para asignar individuos bovinos a su población de origen. Al igual que este documento , que destaca la importancia económica que los SNP pueden tener para identificar razas puras y cruces.

Aparentemente, también hay chips SNP disponibles para otros animales, como se destaca en este artículo en particular.

¿Esta definición es aplicable a todas las especies (especialmente con respecto a SNP. ¿Puede agregar alguna información con referencias al respecto)?
Espero que las nuevas ediciones respondan a tu pregunta.
Sí, estos términos son términos bien establecidos para describir mutaciones en datos genéticos. SNV es el término más general para SNP (sin restricción de > 1% en popn). También escuchará los términos indel (inserción + eliminación) y mnp (polimorfismos de múltiples nucleótidos). Cabe señalar que SNP se usa a menudo como sinónimo de SNV. Todas estas cosas (SV, SNP, SNV, indel, MNP) son tipos de mutaciones genéticas.
Agradable. Solo un comentario menor, no necesita hacer un estudio de asociación para establecer que la frecuencia de un alelo es> 1%. Solo genotipado.