Acabo de empezar con mi curso de genómica y estoy trabajando con animales domesticados (vacas, gallinas, cerdos, etc) y me gustaría saber qué metodología es mejor para rastrear el proceso de domesticación desde el origen de estas especies. Estoy pensando en usar SNPs de un gen en particular para identificar rasgos puntuales que fueron seleccionados, pero también me sugirieron hacer un análisis de pantalla completo e identificar todos los polimorfismos presentes en cada variante y compararlos con las especies que les dieron origen.
Sí, todos usan SNP hoy en día para dicho análisis. Algo de RADseq es probablemente el camino a seguir.
Detectar la selección no es una tarea fácil ya que existen muchas técnicas que difieren por sus supuestos y por la aplicabilidad. Probablemente debería tratar de encontrar documentos que hayan realizado el mismo tipo de análisis con los mismos tipos de datos y eventualmente hablar con los autores. Es posible que su laboratorio ya tenga experiencia en este tipo de análisis.
¿Qué prueba para detectar firmas genómicas de selección? podría ayudar, pero los algoritmos sugeridos son principalmente para el análisis de la variación dentro de las especies. Procedimientos como la prueba de mcdonald-kreitman y otra metodología más avanzada para detectar la selección sobre una filogenia (como OUWIE si tiene rasgos fenotípicos) pueden ser de interés. También podría simplemente usar algunas pruebas de rango cuando tenga muchos eventos de domesticación independientes. La metodología exacta que termine usando depende en gran medida de sus datos (cuántos eventos de domesticación independientes tiene, por ejemplo, tiene rasgos fenotípicos, ...).
compararlos con las especies que les dieron origen
¿Realmente tienes muestra del antepasado? La mayoría de las veces, las personas simplemente consideran un descendiente no domesticado del ancestro común no domesticado. No cometa el error de considerar un linaje existente como si fuera un descendiente. ¡Este linaje existente también evolucionó!