Códigos de identificación de biología comunes.

• PDB: 2BIB por ejemplo. Código de 4 letras para una estructura específica.

• Uniprot: Q9NZT1 por ejemplo. Una combinación de seis letras de números y letras para un registro TrEMBL o Swissprot. Este registro contiene información sobre dominios, y Uniprot enlaza con muchas cosas útiles como bases de datos de interacción, conjuntos de datos de redundancia, etc.

• Pfam: X1WG39_DANRE Un ID uniprot seguido de un identificador. Estrechamente vinculado con Uniprot, pero con énfasis en los dominios.

• NCBI: NP_000108.1 Por ejemplo. Estos ID se vinculan a un gen, transcripción o proteína en refseq. En un registro NCBI hay dos distinciones principales en el prefijo del código de ID: aserciones hipotéticas/automáticas (XM_, XR_ y XP_) y aserciones seleccionadas manualmente (NM_, NR_ y NP_). A esto le sigue un número de 6 dígitos y, a veces, un "." y un número, que indica una isoforma de empalme.

Identificaciones Uniprot

No estoy seguro de dónde obtuvo este resultado, por lo que parece una extraña concatenación de información de Uniprot.

Q9NZT1 es, de hecho, la ID única de Uniprot. Esto es específico de uniprot.

CALL5_HUMAN es el "nombre del gen" o "Identificador" y, a menudo, abarca diferentes bases de datos para ese gen. Es un poco más back-end, pero esencialmente no es único debido a las isoformas de empalme.

Hay muchos ID en uniprot y muchos tipos. Ya debajo notará que algunos son swiss prot, otros son Trembl. Estos son los principales tipos. Swissprot se revisa manualmente, mientras que Trembl es una colección compilada automáticamente.

Hay muchos tipos de códigos de acceso diferentes y cada base de datos utiliza su propia nomenclatura con la que se encontrará. Desafortunadamente, hay demasiados para enumerarlos aquí de forma exhaustiva.