Propiedades que se pueden derivar de las secuencias de aminoácidos [cerrado]

¿Cuáles son las propiedades que se pueden derivar de una secuencia de aminoácidos además de las mencionadas en el sitio web ? En el sitio web mencionado, las propiedades que se pueden calcular a partir de la secuencia de aminoácidos son:

1. Peso molecular de la proteína
2. Número de aminoácidos en la secuencia de la proteína
3. Composición de residuos cargados (DEKHR)
4. Composición de residuos alifáticos (ILV )
5. Composición de Residuos Aromáticos (FHWY)
6. Composición de Residuos Polares (DERKQN)
7. Composición de Residuos Neutros (AGHPSTY)
8. Composición de Residuos Hidrófobos (CVLIMFW)
9. Composición de Residuos Cargados Positivamente (HKR)
10. Composición de residuos cargados negativamente (DE)
11. Composición de residuos pequeños (ACDGST)
12. Composición de residuos pequeños (EHILKMNPQV)
13. Composición de residuos grandes (FRWY)

Aparte de los dos primeros, el resto de los grupos parece una lista de conjuntos binarios basados ​​en propiedades químicas específicas de los aminoácidos. Sin ninguna información adicional, esta pregunta es demasiado amplia.
¿Qué información adicional desea? Por favor dígame. No lo cierres. Necesito esta pregunta abierta.
¿Qué define exactamente como una "propiedad"? La lista actual no está bien definida, y podría decirse que ejemplos tontos como "Composición de residuos con "E" en su nombre" también son "propiedades".
Este enfoque (al que se vinculó), en el que uno toma una proteína purificada y la somete a un análisis de aminoácidos (o composición de aminoácidos), se remonta a un período de tiempo de ~ 1960-1980. Una vez que se desarrolló la clonación molecular, se volvió mucho más rápido clonar el gen de una proteína para determinar su identidad en lugar de secuenciar el polipéptido en sí. Casi al mismo tiempo, Applied Biosystems acopló un dispositivo de cromatografía en fase gaseosa a un espectrómetro de masas y lo comercializó, lo que permitió la llamada microsecuenciación de fragmentos de péptidos. BLAST va a ser mucho más sensible.
Sensible como en?

Respuestas (2)

Solo mire las herramientas NCBI , EMBL y DDJB. Estos tres son centros de bases de datos globales y de primer nivel. Sus herramientas se explican por sí mismas. Puedes calcular muchas cosas a partir de estas secuencias. Además de estos, hay muchas herramientas internas para calcular información específica de secuencias de muchos laboratorios de investigación bioinformática en todo el mundo.

Usando una proyección de rueda helicoidal, puede hacer predicciones de las regiones que probablemente formarán o adoptarán hélices anfipáticas. Estas son hélices alfa en las que una cara o lado de la hélice es en gran parte polar mientras que el lado opuesto o cara de la hélice es en gran parte no polar.

Además, según las estructuras cristalinas de rayos X conocidas, hay algunos residuos que se conocen como rompedores de hélice, como Pro y Gly, y hay otros residuos que se encuentran a menudo en las láminas beta, por lo que puede hacer predicciones de estructuras secundarias, basadas en la secuencia primaria de aminoácidos.

Sin embargo, en ausencia de regiones extendidas de identidad de secuencia de aminoácidos, estas predicciones son solo hipótesis.

No, no quiero predecir nada, quiero propiedades confirmadas, no predicciones.
Buena suerte con eso.
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