¿Cómo se reconcilian Juan 18:36 y Mateo 13:41 según los protestantes?

Esto se puede reconciliar, como muchas otras aparentes contradicciones, al comprender el contexto de los pasajes. Ver Reglas para resolver supuestas discrepancias bíblicas .

...la gran mayoría de las "contradicciones" se pueden atribuir a una de dos causas posibles.

1. Errores de copista
2. Un malentendido del contexto. (Contexto histórico, contexto cultural, sacar un versículo de contexto con pasajes relacionados de las Escrituras, diferentes significados de las palabras usadas en el momento en que se escribió una traducción en comparación con el significado de las palabras hoy, etc.)

El pasaje de Juan, como se cubre en muchos comentarios, está en el contexto de una acusación de que Jesús es una amenaza para la regla existente. Muestra:

Notas de Barnes sobre la Biblia

Mi reino... - El cargo por el cual Jesús fue procesado fue el de reclamar el cargo de rey. Aquí admite sustancialmente que afirmó ser rey, pero no en el sentido en que lo entendían los judíos. Lo acusaron de intentar establecer un reino terrenal y de instigar la sedición contra César. En respuesta a esto, Jesús dice que su reino no es de este mundo, es decir, no es de la misma naturaleza que los reinos terrenales. No se originó con el mismo propósito, ni se llevó a cabo en el mismo plan. Inmediatamente añade una circunstancia en la que difieren. Los reinos del mundo están defendidos por las armas; mantienen ejércitos y participan en guerras. Si el reino de Jesús hubiera sido de este tipo, habría excitado a las multitudes que lo seguían a prepararse para la batalla. Habría armado las huestes que lo acompañaron a Jerusalén. No habría estado solo y desarmado en el jardín de Getsemaní. Pero aunque era rey, su dominio estaba sobre el corazón, sometiendo las malas pasiones y los deseos corruptos, y llevando el alma al amor de la paz y la unidad.

No de aquí - Es decir, no de este mundo.

El pasaje de Mateo, por otro lado, es parte de una parábola en la que usa la muestra de cizaña y trigo en el mismo campo para ilustrar que el justo y el mal vivirán juntos en esta tierra. Se está refiriendo a Su Reino espiritual, o la Iglesia. Ejemplo de otro comentario: (Énfasis agregado por mí)

Exposición de Gill de toda la Biblia

El Hijo del hombre enviará a sus ángeles,.... Es decir, él mismo, cuyos ministros son los ángeles; que lo atienden y están a su entera disposición y a sus órdenes; aun los mil miles que le ministran; estos serán enviados por sus órdenes, a las diversas partes del mundo, donde él tiene alguna iglesia, o un interés,

y se reunirán de su reino: la iglesia del Evangelio, sobre la cual Cristo es rey, donde reina y gobierna en el corazón de su pueblo; y que son alegre y voluntariamente obedientes a sus leyes, bajo la influencia de su Espíritu y gracia: pero todos los que están en el estado de iglesia visible del Evangelio, no lo son; algunos son malvados y rebeldes, y aunque se permite que continúen, no siempre; porque si no son removidos por censuras y excomuniones, lo serán al fin por los ángeles; quien los separará de los santos:

incluso todas las cosas que ofenden; que son escándalos para Cristo, su iglesia y el Evangelio, por sus principios inicuos o prácticas infames; y que ofenden, no sólo a Dios y a su justa ley, sino que ponen tropiezos en el camino de los hijos de Dios, y son los causantes de divisiones y ofensas entre ellos:

y los que hacen iniquidad; que no hacen otra cosa sino iniquidad; y quienes, aunque profesan ser personas religiosas, secreta o abiertamente son obradores de iniquidad; e incluso están cometiendo iniquidad, en y mientras profesan la religión.

Como con casi cualquier palabra en el idioma inglés, el contexto ayuda a definir el significado de la palabra, por lo que cuando se toma en contexto, la aparente discrepancia desaparece.