¿Cómo se numeran los átomos en las benzopiridinas y benzopurinas?

Conozco bien el sistema de numeración utilizado para las bases tradicionales, como se ve a continuación.

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Mi pregunta es ¿cómo se numeran los átomos en las bases de tamaño expandido que se ven en xDNA y xRNA ?

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Respuestas (1)

Esta es una cuestión de nomenclatura química y la fuente principal para esto es la IUPAC (IUBMB en el caso de moléculas biológicas, pero no en este caso). Puede encontrar todas las referencias de nomenclatura de heteroanillo en el sitio web de la IUPAC:

http://www.acdlabs.com/iupac/nomenclature/

http://www.acdlabs.com/iupac/nomenclature/79/r79_702.htm

(Me estoy saltando el paso de nombrar)

La numeración en realidad se realiza de acuerdo con http://www.acdlabs.com/iupac/nomenclature/79/r79_72.htm

Eso significa que si tomas el esqueleto sin heteroátomos, comienzas

en el sentido de las manecillas del reloj comenzando con el átomo de carbono que no participa en la fusión del anillo en la posición más contraria a las manecillas del reloj del anillo superior, o si se puede elegir, del anillo superior más a la derecha, y omitiendo los átomos comunes a dos o más anillos.

Ahora, si hay más de una posibilidad debido a la simetría, eligió la numeración que le da a los heteros los números más pequeños posibles (esto significa que sus purinas estarían mal numeradas si no fueran una excepción --- vea la Lista de retenidos nombres).

Entonces, finalmente tenemos en dxC y dxT el comienzo en el nitrógeno inferior, yendo en sentido contrario a las agujas del reloj (el otro N en 3, metilo en 6, ribosa en 8), y en dxA y dxG de manera similar el comienzo en el N inferior derecho, yendo en sentido contrario a las agujas del reloj con otros N en 3, 6 y 8, y ribosa en 8 también.