Cómo encontrar los datos de una red de Cancer PPI [cerrado]

Supongo que estás buscando datos humanos. Echa un vistazo a estos papeles:

Red de interacción proteína-proteína del cáncer humano: una perspectiva estructural

Del resumen:

Las redes de interacción proteína-proteína proporcionan una imagen global de la función celular y los procesos biológicos. Algunas proteínas actúan como proteínas centrales, muy conectadas entre sí, mientras que otras tienen pocas interacciones. La disfunción de algunas interacciones provoca muchas enfermedades, incluido el cáncer. Las proteínas interactúan a través de sus interfaces. Por lo tanto, estudiar las propiedades de interfaz de las proteínas relacionadas con el cáncer ayudará a explicar su papel en las redes de interacción. Los sitios de unión similares o superpuestos deben usarse repetidamente en proteínas de centro de interfaz única, haciéndolas promiscuas. Alternativamente, las proteínas hub multi-interfaz hacen uso de varios sitios de unión distintos para unirse a diferentes socios. Proponemos una metodología para integrar las interfaces de proteínas en las redes de interacción del cáncer (ciSPIN, red de interfaz de proteínas estructurales del cáncer). Las interacciones en la red de interacción de proteínas humanas se reemplazan por interfaces, provenientes de complejos conocidos o predichos. Proporcionamos un análisis detallado de las interfaces proteína-proteína humana relacionadas con el cáncer y las propiedades topológicas de la red del cáncer. Los resultados revelan que las proteínas relacionadas con el cáncer tienen sitios de unión más pequeños, más planos, más cargados y menos hidrofóbicos que las proteínas no cancerosas, lo que puede indicar una baja afinidad y una alta especificidad de las interacciones relacionadas con el cáncer. También clasificamos los genes en ciSPIN según fenotipos. Dentro de los fenotipos, para el cáncer de mama, el cáncer colorrectal y la leucemia, se encontró que las propiedades de la interfaz discriminaban las interfaces no cancerosas con una precisión del 71 %, 67 % y 61 %, respectivamente. Además, Las proteínas relacionadas con el cáncer tienden a interactuar con sus socios a través de distintas interfaces, que corresponden en su mayoría a los centros de múltiples interfaces, que comprenden el 56% de las proteínas relacionadas con el cáncer y constituyen los nodos con mayor esencialidad en la red (76%). Ilustramos las propiedades de afinidad relacionadas con la interfaz de dos proteínas centrales relacionadas con el cáncer: Erbb3, una interfaz múltiple, y Raf1, un centro de interfaz única. Los resultados revelan que la afinidad de las interacciones del concentrador de interfaz múltiple tiende a ser mayor que la del concentrador de interfaz única. Estos hallazgos podrían ser importantes para obtener nuevos objetivos en el cáncer, así como para encontrar los detalles de las regiones de unión específicas de posibles candidatos a fármacos contra el cáncer. y constituyendo los nodos con mayor esencialidad en la red (76%). Ilustramos las propiedades de afinidad relacionadas con la interfaz de dos proteínas centrales relacionadas con el cáncer: Erbb3, una interfaz múltiple, y Raf1, un centro de interfaz única. Los resultados revelan que la afinidad de las interacciones del concentrador de interfaz múltiple tiende a ser mayor que la del concentrador de interfaz única. Estos hallazgos podrían ser importantes para obtener nuevos objetivos en el cáncer, así como para encontrar los detalles de las regiones de unión específicas de posibles candidatos a fármacos contra el cáncer. y constituyendo los nodos con mayor esencialidad en la red (76%). Ilustramos las propiedades de afinidad relacionadas con la interfaz de dos proteínas centrales relacionadas con el cáncer: Erbb3, una interfaz múltiple, y Raf1, un centro de interfaz única. Los resultados revelan que la afinidad de las interacciones del concentrador de interfaz múltiple tiende a ser mayor que la del concentrador de interfaz única. Estos hallazgos podrían ser importantes para obtener nuevos objetivos en el cáncer, así como para encontrar los detalles de las regiones de unión específicas de posibles candidatos a fármacos contra el cáncer.

Herramientas para el análisis de redes de interacción proteína-proteína en la investigación del cáncer

Del resumen:

Dado que el cáncer es una enfermedad compleja, la representación de una célula maligna como una red de interacción proteína-proteína (PPIN) y su posterior análisis puede proporcionar información sobre el comportamiento de las células cancerosas y conducir al descubrimiento de nuevos biomarcadores. El objetivo de esta revisión es ayudar a los investigadores de ciencias de la vida sin conocimientos previos de programación informática a extraer información biológica significativa de dichas redes, aprovechando las herramientas bioinformáticas públicas y fáciles de usar. Está estructurado en cuatro partes: la primera sección describe el flujo de pasos consecutivos desde la construcción de la red hasta la generación de hipótesis biológicas. La segunda parte proporciona un repositorio de herramientas públicas y fáciles de usar para la construcción, visualización y análisis de redes. Se presentan dos enfoques diferentes y complementarios del análisis de redes: el enfoque topológico estudia la red como un todo por medio de la teoría de grafos estructurales, mientras que el enfoque global divide el PPIN en subgrafos o módulos. En la sección tres, se describen algunos conceptos y herramientas relacionadas con la integración de datos moleculares heterogéneos a través de un PPIN. Finalmente, la cuarta parte es un ejemplo de cómo extraer información biológica significativa de un PPIN de cáncer colorrectal utilizando algunas de las herramientas descritas.