Cambios de microsatélites (llamadas pico) ¡GeneMapper! ¡Ayuda de tesis!

Soy un estudiante de maestría que intenta realizar un análisis de parentesco en una población de peces para mi tesis. Mi asesor y postdoctorados no han sido de mucha ayuda, ¡así que necesito ayuda! Tengo marcadores de microsatélites de dinucleótidos que he probado en un conjunto de individuos.

Estoy usando GeneMapper 4.0 para calificar los alelos de dichos marcadores, pero algo no tiene sentido. Mis alelos se desplazan a donde no están distribuidos uniformemente en sus tamaños. Por ejemplo, en un locus dado para un individuo, tengo un pico de alelo en 152 mientras que el otro pico de alelo está en 161 (es un heterocigoto obvio).

Este "cambio" no tiene sentido teniendo en cuenta que mis marcadores son dinucleótidos y deben estar separados por 2 pb, ¿verdad? Así que 152 es en realidad 151/153 o 161 es en realidad 162/160. ¿Cómo puedo calificarlos y resolver este problema manteniendo la coherencia para mi análisis posterior? Veo este cambio en todas partes y ya descarté la contaminación y estoy seguro de que estos picos son reales. ¿Alguna gente de la generación pop que tenga idea de qué hacer?

He estado atascado en esto durante semanas, ninguna cantidad de búsqueda en la web / lectura en papel ayudó. ¡Gracias!

@MikeTaylor ¡Muchas gracias! Estoy muy contento de escuchar eso. Mis picos son hermosos, pero hay tantos cambios que no estoy seguro de qué manera de calificar cualquiera de los alelos. ¿Debo hacer que lo impar sea par o lo par impar? Estoy usando GeneMapper si tienes alguna experiencia con eso, ¡realmente agradecería algunos consejos! ¡Gracias de nuevo!
No es necesario cambiar el tamaño del alelo. ¿Hay alguna razón por la que no pueda usar los tamaños como los llama el software, independientemente del tamaño par o impar?
Aquí hay otra manera de pensar en ello. Suponga que todos los alelos ancestrales tenían tamaños pares, pero no sabe cuáles eran los tamaños. Se produce un indel después de la región de repetición. Si una eliminación, el tamaño se reducirá en uno. Si una inserción, el tamaño aumentará en uno. En general, no puede saber si el cambio se debió a una inserción o eliminación. Es por eso que no debe cambiar el tamaño del alelo. Está cambiando datos en función de suposiciones no verificables (e innecesarias).
@MikeTaylor ¡Muchas gracias por sus respuestas! No confío en el agrupamiento automático y la llamada de los picos en el software solo porque el mismo alelo se llama de diferentes tamaños de manera inconsistente si se desplaza ligeramente. Sé que tengo que mantener el mismo pico en todas mis muestras con el mismo nombre, pero lo impar/par me preocupó por el bien de la inconsistencia. No dudo tanto ahora en llamar a un pico par incluso cuando el resto es impar, siempre y cuando llame a ese pico de ese tamaño consistentemente, supongo. ¡Gracias por toda tu ayuda Mike!

Respuestas (1)

Sus marcadores probablemente estén bien, especialmente porque sigue viendo el mismo alelo en varias personas. Las repeticiones de dinucleótidos no siempre se copian perfectamente. Lo más probable es que recuerde que los cebadores que utiliza para amplificar sus microsatélites se unen fuera de la región de repetición real. Podría tener una inserción/eliminación en la región entre los cebadores y la región repetida, cambiando los tamaños de sus alelos de pares a impares (o viceversa).

Me gusta esta respuesta, pero creo que deberías haber mencionado el flujo de genes.
Cambios de microsatélites (llamadas pico) ¡GeneMapper! ¡Ayuda de tesis!
RespuestasAquíPolítica de privacidad1y, 0v