Aparte del Stratolaunch, ¿cuántos otros aviones tienen cuerpos divididos?

Depende de cómo lo definas, pero ha habido una variedad a lo largo de los años:

• El P-38 Lighting tiene 3 cuerpos , también hubo una versión experimental posterior, el XP-49, que solo vio un solo fuselaje.
• El F-82 era una versión de fuselaje doble del P-51.
• El boomerang que también fue diseñado por Burt Rutan (el diseñador del stratolaunch)
• Se construyó un Piper Cub de fuselaje gemelo único, pero nunca se vio a escala de producción.
• Como @DanPichelman señala en los comentarios, el Yak-110

...aunque lanzar naves espaciales desde ellos comercialmente es algo nuevo

Esto no es del todo cierto, los aviones cohete a cuestas en aviones más grandes se han hecho ampliamente desde los años 50.