¿Tienen las afirmaciones de este documento algún grado de validez?

El artículo El problema del tiempo de espera en una población modelo de homínidos habla de un problema de tiempo de espera, etc. ¿La metodología de esta simulación numérica y la conclusión son correctas o son incorrectas?

(Una búsqueda rápida revela que el primer autor es un defensor del diseño inteligente y aparentemente cree o creía que la tierra tiene menos de 10,000 años)

Eché un vistazo rápido al periódico y es bastante difícil de entender porque están usando un vocabulario muy inusual. Por ejemplo, están usando el término selective eliminationen abstracto, que no es un concepto definido. Además, construyen su propio modelo en lugar de utilizar el marco numérico existente, lo que dificulta la comprensión de lo que realmente hicieron.
Si tiene ganas de intentar resumir sus métodos, resultados e interpretación de manera concisa, me encantaría considerar leer el documento un poco más y expresar mi opinión.
Aquí hay una posible trampa en su artículo. Están calculando el tiempo para que una secuencia específica (lo que parecen llamar cadena) se fije en la población de una secuencia ancestral que es 100% diferente. Por supuesto que lleva tiempo. La fracción de diferencias por pares es muy baja entre especies relacionadas, como los chimpancés y los humanos.
¿Alguien sabe de una buena eliminación de este documento al que pueda hacer referencia? ¡Parece cada vez más como si tuviera algún valor!
No tengo ningún interés en dar un clic a lo que parece un diario de tonterías. ¿Puede proporcionar un enlace al resumen de Pubmed? Y si no puede, porque el documento no se puede encontrar en pubmed, esa es una muy buena respuesta a su pregunta.

Respuestas (1)

Me temo que me reí un poco cuando leí ese artículo por primera vez.

¿Por qué? Bueno, esto es lo que esencialmente hicieron: intentaron modelar la evolución implementando un algoritmo. Tenían una población de 10000 individuos, representados por su secuencia genética, y tenían un algoritmo que hacía mutaciones de esas secuencias y modelaba la selección y la reproducción para obtener la siguiente generación. Hicieron eso durante mucho tiempo. ¿Por qué eso me hizo reír? Hice mis tesis de licenciatura y maestría en el campo de la bioinformática evolutiva. Casi todos los estudiantes implementan algo así cuando comienzan, para aprender a escribir ese tipo de programa. No es exactamente novedoso. Incluso citan varios otros estudios que hacen este tipo de análisis.

Ahora, su resultado es básicamente que la evolución humana a partir de ancestros humanos-chimpancés no pudo haber ocurrido porque habría llevado demasiado tiempo. No solo habría llevado demasiado tiempo toda la diferencia entre estas dos especies, sino que cada diferencia de más de dos nucleótidos habría tardado demasiado en corregirse.

Dado que esto va en contra de la ciencia establecida, es mejor que este algoritmo sea bueno... En mi opinión, el artículo es extenso y gran parte de él no es tan interesante o relacionado. Pero aquí están los grandes problemas, en mi opinión:

Cuando la selección natural amplificó con éxito la cadena objetivo hasta el punto de fijación (es decir, cuando la frecuencia alélica alcanzó el 99–100 %), 

Su objetivo es que su secuencia objetivo alcance una frecuencia de al menos el 99 por ciento. Eso es innecesariamente alto y, por supuesto, tomará mucho tiempo, especialmente porque mantienen su población constante en 10000 individuos. No muestran una cifra de cómo cambió la frecuencia a lo largo de las generaciones; supongo que el 90 por ciento se alcanza mucho antes de su umbral.

Por supuesto, mantener constante el tamaño de la población tampoco es un modelo realista para la evolución humana. No fue en 10000 individuos durante millones de años.

inicialización: inicializa cada individuo a la misma cadena aleatoria o especificada por el usuario (por ejemplo, AAAAA)

Los humanos no comenzamos con secuencias aleatorias y luego las mutamos para que hicieran algo útil, comenzamos con material genético útil que luego cambió. Si comienza en AAAAA, espere un objetivo de TAGGC, no confiera ningún beneficio a los pasos intermedios (como lo hicieron) a una tasa de mutación de algo así como 1 por diez millones de nucleótidos por generación, por supuesto que va a esperar mucho tiempo. La tasa de mutación en los genomas tampoco es uniforme, varía según la región. Por lo que veo, esto no se tuvo en cuenta ni se discutió.

También existe el problema de que solo observan la mutación de un solo nucleótido, no la duplicación de genes, las inserciones, etc., que también constituyen una gran diferencia entre los humanos y sus antepasados.

Luego está la "elección de pareja" aleatoria, que es una simplificación válida si solo está observando algunos mecanismos de evolución, pero no es válida si va a usar su modelo para estimar el tiempo necesario para la especiación.

También solo permiten que surja una mutación beneficiosa, luego esperan a que se solucione, alegando que cualquier otra cosa habría resultado en tiempos aún más largos, sin, por lo que puedo ver, solo implementar esto y luego probar esa suposición.

En algunos puntos, su artículo solo buscará algún tipo de efecto dramático:

el tiempo de espera fue de 500 millones de años, lo que sigue siendo extremadamente prohibitivo. Esta cantidad de tiempo se aproxima al tiempo estimado requerido para la evolución de criaturas parecidas a gusanos en personas.

Hace 500 millones de años emergieron los primeros animales en la tierra y los primeros cordados. Chordata y los filos "como gusanos" ya se habían separado.

Básicamente, en mi opinión, tomaron un modelo muy simple y sacaron conclusiones radicales de él. Este tipo de análisis es adecuado para observar cómo la evolución podría dar lugar a la especiación, qué parámetros podrían desempeñar un papel, etc., pero no es adecuado para estimar el tiempo que lleva.

Pero estos son solo mis primeros pensamientos, espero que pronto haya una revisión más exhaustiva de esto en algún lugar de Internet.

En realidad, se acepta que la estimación de la diversidad genética de los humanos que lograron superar el cuello de botella genético en la evolución humana es de aproximadamente 10K individuos, más o menos. Una idea que no creo que menciones es la idea de que la Evolución, a través de la Selección Natural, mantiene sus aciertos y descarta sus errores, que es lo que permite que la Explosión Cámbrica tenga sentido. 3 mil millones de años de resolver todos los problemas y construir los cimientos, luego 500 millones de años de diversificación en los temas exitosos.
@AMR sí, conozco esa estimación. Pero esos 10K individuos no se cruzaron entre sí al azar, probablemente formaron subpoblaciones muy pronto, y no se mantuvieron en 10K durante los siguientes 5 millones de años.
Han pasado solo 60-70K años desde que nos quedamos con alrededor de 10K humanos... No estoy de acuerdo con el artículo, solo que señala cómo toman los hechos y los distorsionan hacia su causa. Como dijiste, "una tasa de mutación de algo así como 1 por cada diez millones de nucleótidos por generación". Esa es la tasa de mutación por división celular, ya que esa es la tasa de error inherente para DNA Pol con mecanismos de reparación de ADN en su lugar. Además, no tienen en cuenta eventos como la recombinación meiótica o, como mencionas, las duplicaciones de genes. Muchas de las diferencias tienen más que ver con la cantidad de producto génico que con las diferencias en los genes.
Sin embargo, un comentario muy tardío, el marco de tiempo presentado en el documento al que se hace referencia en el OP se basa en realidad en una investigación externa de Michael Lynch y Adam Abegg Dep't Biology and Dep't Mathematics @ Indiana University. La afirmación de esta investigación es que habría tomado al menos 200 millones de años para solo 2 mutaciones... y eso se basa solo en un 98% de similitud. La cifra ahora es que somos solo un 85% similares... por lo que los 200 millones de años tendrían que ajustarse drásticamente a esa cifra ahora aceptada... ¡lo cual es significativamente peor para la evolución!