Software para contar huevos de mosca

¿Hay algún software que pueda usarse para contar rápidamente (más rápido que los humanos) los huevos puestos por Drosophila en un sustrato colocándolos bajo un microscopio con una cámara conectada? Los huevos se depositan en la superficie del alimento y tienen una forma bastante uniforme; regularmente tenemos que contar el número de huevos en >200 viales, lo que puede demorar más de 4 a 5 horas por cada 100 viales.

Me pregunto si hay algún software que pueda vincularse a un microscopio con una cámara montada conectada a una computadora, el software podría luego contar desde la transmisión en vivo o una fotografía tomada rápidamente. No tendría que ser perfecto, pero siempre que pudiera ser tan preciso como los humanos (lo cual es sorprendentemente bajo según nuestra experiencia; contamos hasta una cantidad fija y luego eliminamos el resto, por ejemplo, si pretendía dejar 180 huevos, yo estaría muy feliz de conseguir entre 150 y 200 huevos). Estaría usando un microscopio estereoscópico (también conocido como microscopio de disección) con una cámara montada.

La superficie de la comida con huevos se parece a esto -> ingrese la descripción de la imagen aquí puramente a modo de ilustración, tomada con iPhone: las imágenes reales en el microscopio podrían acercarse (la superficie de la comida podría llenar la pantalla) y tener una iluminación más uniforme para dar un mejor contraste (esto fue tomado para mostrar en una charla, así que quería bonito en lugar de práctico). Los dos cuartos inferiores de la comida en esta imagen serían similares al resultado real, solo que mucho más cerca...

Matlab permite el análisis de imágenes como este. Compruebe la caja de herramientas de análisis de imágenes de matlab.
@WYSIWYG Le echaré un vistazo, ¿sabes si sería capaz de hacer esto en vivo? (es decir, coloque el vial debajo del endoscopio, enfóquelo, haga clic en un botón y obtenga un conteo, luego retiro algunos huevos y lo vuelvo a colocar para un recuento).
Estoy seguro de que se puede configurar para una adquisición y conteo de datos directos. Recuerdo que alguien me contó sobre el conteo de puntos fluorescentes en células, bajo microscopio confocal, usando matlab. Sin embargo, eso está más allá del alcance de mis habilidades existentes y puede hablar con cualquier ingeniero de instrumentación en su universidad.
otro software llamado LabView de National Instruments también puede hacer ese trabajo. No es tan difícil de usar.
aquí hay otro paquete de análisis de imágenes que puede hacer lo que quieras fiji.sc/Fiji

Respuestas (1)

ImageJ es una pieza de software multiplataforma que tiene un módulo de contador de células que podría ser de alguna utilidad, ¡y es gratis! Es fácil de usar y tan ridículamente crudo que es muy versátil. Recuerdo usarlo en la licenciatura para contar células bajo el microscopio automáticamente después de algunos ajustes de contraste de imagen. No veo por qué esto no podría volver a aplicarse para contar huevos.

Descargar: http://rsb.info.nih.gov/ij/download.html

Documentación del contador de células: http://imagej.nih.gov/ij/plugins/cell-counter.html

excelente, trataré de encontrar tiempo para probarlo en el nuevo año y les contaré cómo me va.
Mathematica, si su institución lo tiene como una opción de licencia masiva que puede obtener de forma gratuita, también es un competidor decente de ImageJ para el análisis de imágenes, suponiendo que no conozca ninguno de los dos programas. Una ventaja es que puede saltar a Mathematica SE si tiene problemas. Lo he usado para el conteo de microscopía fluorescente e imágenes como se ve en mathematica.stackexchange.com/questions/29844/…
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