Estoy trabajando en un proyecto y estoy tratando de encontrar datos sobre la posición de los genes y los sitios de unión de heterocromatina como HP1 en Drosophila melanogaster. ¿Esta información está disponible para las líneas de la DGRP ? ¿Sería capaz de medir la distancia entre un gen y su sitio de unión más cercano a partir de esos datos?
Eche un vistazo a estos datos de ChIP-seq para HP1 en Drosophila: 1 , 2 y 3 . A partir de los datos de ChIP-seq, puede encontrar la distancia entre los picos de TFBS y el TSS del gen.
También puede buscar el posicionamiento del nucleosoma y las regiones de hipersensibilidad de la ADNasa; para el primero, estoy seguro de que hay datos disponibles para Drosophila.
Como dijo la respuesta anterior, hay algunos datos públicos de HP1 ChIP-seq de D. melanogaster si no de DGRP, de modENCODE y quizás otros. En el caso de modENCODE, han publicado no solo las lecturas, sino también sus picos de llamadas (mapeo con Eland + llamadas con MACS).
BEDTools ( https://github.com/arq5x/bedtools2 ) es una buena herramienta de línea de comandos para manipular intervalos con coordenadas genómicas, y el comando más cercano de bedtools puede calcular la distancia a la característica más cercana. Se vería algo como esto:
bedtools closest -d -a genomic_features.gff3 -b peak_calls.gff3
Donde la parte "genomic_features" sería cualquier subconjunto de la anotación del genoma que le interese.
He trabajado en un pequeño ejemplo con datos de modENCODE, anotación de transcripción de Flybase y BEDTools:
http://martinsbioblogg.wordpress.com/2014/07/04/finding-the-distance-from-chip-signals-to-genes/
Salud,
metro.