¿Se puede hablar de desacetilación de un promotor en lugar de una histona asociada?

Estoy confundido sobre un detalle en un artículo que estoy leyendo y no estoy seguro si estoy malinterpretando la redacción o malinterpretando el concepto. Incluyo el resumen completo de este documento como antecedentes:

Regulación epigenética de la biología uterina por el factor de transcripción KLF11 a través de la desacetilación de histonas postraduccional de las enzimas metabólicas del citocromo p450.

Zheng Y, Tabbaa ZM, Khan Z, Schoolmeester JK, El-Nashar S, Famuyide A, Keeney GL, Daftary GS.

Abstracto:

La regulación endocrina de la biología uterina es fundamental para la receptividad embrionaria y la reproducción humana. El endometrio uterino depende de la entrada de esteroides sexuales extrínsecos y, por lo tanto, probablemente tenga mecanismos que permitan la adaptación a la variación hormonal. La evidencia emergente sugiere que la biodisponibilidad de los esteroides sexuales en el endometrio se determina ajustando su tasa metabólica y su destino a través de la regulación de las enzimas citocromo (CYP) p450. Las enzimas CYP son el objetivo de los factores de transcripción Sp/Krüppel-like (Sp/KLF) expresados ​​de forma ubicua. Específicamente, KLF11 se expresa en gran medida en los tejidos reproductivos, regula una variedad de vías endocrinas/metabólicas a través de mecanismos epigenéticos basados ​​en histonas y, cuando se expresa de manera anómala, se asocia con diabetes y enfermedades del tracto reproductivo, como el leiomioma y la endometriosis. Utilizando KLF11 como modelo para investigar la regulación epigenética del metabolismo de primer paso endometrial, evaluamos la expresión de una amplia gama de enzimas metabólicas en células de Ishikawa. KLF11 reprimió la mayoría de las enzimas CYP endometriales. Para caracterizar los mecanismos reguladores epigenéticos reclutados por KLF11, nos centramos en la enzima CYP3A4 que metaboliza los estrógenos. La expresión de KLF11 disminuyó en el epitelio endometrial de la fase secretora asociada con una mayor expresión de CYP3A4. Además, KLF11 se unió a los elementos GC del promotor CYP3A4 y, por lo tanto, reprimió el promotor, el mensaje, la proteína y la función enzimática. Esta represión estuvo mediada epigenéticamente, porque KLF11 se colocalizó con el correpresor SIN3A/histona desacetilasa y lo reclutó, lo que resultó en la desacetilación selectiva del promotor CYP3A4. La represión fue revertida por una mutación en KLF11 que anuló el reclutamiento y la unión del cofactor. Esta represión también fue farmacológicamente reversible con un inhibidor de histona desacetilasa. La alteración farmacológica del metabolismo endometrial podría tener implicaciones traslacionales a largo plazo en la reproducción humana y la enfermedad uterina.

Citación:

Zheng Y, Tabbaa ZM, Khan Z, Schoolmeester JK, El-Nashar S, Famuyide A, et al. Regulación epigenética de la biología uterina por el factor de transcripción KLF11 a través de la desacetilación de histonas postraduccional de las enzimas metabólicas del citocromo p450. Endocrinología. 2014;155:4507–20.

Mi pregunta es sobre la cuarta a la última oración de este resumen específicamente:

"Esta represión estuvo mediada epigenéticamente, porque KLF11 se colocalizó y reclutó al correpresor SIN3A/histona desacetilasa, lo que resultó en la desacetilación selectiva del promotor CYP3A4".

Esta oración parece decir que SIN3A/histona desacetilasa está desacetilando el propio promotor CYP3A4 (es decir, está desacetilando una región de ADN directamente). Sin embargo, ¿no debería una histona desacetilasa estar desacetilando una histona, no una región de ADN? ¿Estoy malinterpretando el mecanismo? ¿O es "desacetilación del promotor CYP3A4" realmente una forma abreviada de decir "desacetilación de una histona que está asociada con el promotor CYP3A4"?

¡Gracias de antemano por tu ayuda!

La secuencia promotora está envuelta por histonas, que se modificaron (ver figura 3). "KLF11 se une a distintos complejos de cofactores nucleares que modifican postraduccionalmente las histonas promotoras para alterar epigenéticamente el estado de la cromatina, los niveles de expresión génica y la actividad".
Gracias @GerganaVandova. Solo para asegurarme de que estoy entendiendo la redacción correctamente: ¿siempre está bien referirse a una modificación de histonas como una modificación del gen correspondiente (como parecen hacer los autores en abstracto)? Por ejemplo, si estuviéramos hablando de la metilación de histonas, sería confuso formular una declaración como "metilación del promotor XYZ123" (ya que la metilación del ADN y la metilación de histonas son dos fenómenos separados). ¿Es aceptable en el caso de la acetilación de histonas, ya que no existe la acetilación del ADN (que yo sepa)? ¡Espero que esta pregunta tenga sentido!
Diría que sí, probablemente sea aceptable, pero estoy de acuerdo en que los autores deberían haber sido más claros al afirmar que cambiar el estado de acetilación de las histonas que envuelven al promotor afecta la expresión del gen de ese promotor.
@Georgana Vandova. Edité el título de esta pregunta, eliminé mi propio comentario y lo convertí en una respuesta. De esa manera, la pregunta puede responderse y, finalmente, eliminarse de la lista sin respuesta. A medida que su comentario sea más extenso, es posible que desee hacer lo mismo (y tal vez reconsiderar su actitud sobre la aceptabilidad de la declaración).

Respuestas (2)

Los autores obviamente querían escribir que las histonas asociadas con el promotor se desacetilan. No pueden referirse al promotor en sí mismo, ya que es el ADN.

Lo que escribieron no es una taquigrafía o un uso alternativo aceptable, sino simplemente un error: los artículos publicados a menudo contienen errores tipográficos y errores de este tipo. Probablemente los autores pretendieron escribir la forma técnicamente correcta de las palabras, pero perdieron una frase. O tal vez habían excedido el límite de la cantidad de palabras permitidas en el resumen, por lo que pasaron por el recorte, pero recortaron demasiado.

¿Por qué los árbitros no se dieron cuenta de esto? Por supuesto que deberían haberlo hecho, pero probablemente estaban más preocupados por el contenido del artículo y si los experimentos descritos por los autores justificaban sus conclusiones. Son científicos ocupados y probablemente hacen el trabajo voluntariamente.

En conclusión, los científicos son humanos, la redacción científica es difícil y todo el mundo comete errores. Pero aun así debemos tratar de transmitir nuestras ideas con la mayor claridad posible y, desde luego, no copiar algo que sea técnicamente incorrecto o ambiguo, solo porque se haya impreso.

Esto es todo acerca de las interacciones ADN-Proteína. La región promotora del ADN interactúa con las modificaciones de histonas, que están controladas por otras proteínas.