¿Qué se necesita para una matriz G?

He estado leyendo mucho sobre genética cuantitativa y la matriz G- (y B-) últimamente. Entiendo el principio detrás de realizar el análisis ahora, pero todavía no estoy seguro de cómo hacerlo. Me gustaría poder probarlo con algunos datos ficticios/antiguos en R para ver cómo se hace.

Supongamos que he medido 5 rasgos de Drosophila (longitud del ala, vida útil, pigmentación de los ojos, número de cerdas y estado físico). ¿Podría construir una matriz G para la población a partir de estos datos y también obtener una matriz B para medir la selección de los rasgos?

Objetivos del puesto:

1) ¿Qué información (medidas de rasgos, puntajes de aptitud, etc.) se necesita para construir matrices G y B?

2) Me gustaría encontrar material impreso o en línea que me guíe en la implementación real de este método. Parece que hay una gran cantidad de documentos que dicen que las matrices G son geniales, pero nadie dice cómo hacerlas en la vida real...

Su enlace habla solo de G-matrix. No sé qué es una matriz B. ¿Tiene un enlace que explique qué es una matriz B? gracias
@ Remi.b La matriz b es una submatriz dentro de la matriz g (la matriz g está construida de cuatro submatrices, Gm [varianza genética masculina y covarianza] Gf para mujeres también, B (y B transpuesto) con la cruz covarianza genética sexual
Puede encontrar una breve descripción de lo que es una matriz G en esta pregunta

Respuestas (1)

Para construir la matriz G, necesita variaciones y covarianzas genéticas aditivas para todos los rasgos, por lo que normalmente necesita resultados de experimentos de reproducción (por ejemplo, datos fenotípicos de padres intermedios e hijos), en los que puede hacer regresiones de padres e hijos. No conozco ninguna buena fuente en línea, pero consulte Balding et al. 2007 pág. 534ff para obtener información. He visto métodos que afirman que la matriz G se puede estimar directamente a partir de datos fenotípicos de individuos no emparentados (por ejemplo, Zintzaras 2011 ) o de información genómica, por ejemplo, SNP ( Vattikuti et al. 2013 ), pero no estoy familiarizado con estos y no saber qué tan confiables son.

En Wilson et al (2009) se pueden encontrar antecedentes claros sobre el uso de modelos mixtos para estimar la matriz G, incluidos ejemplos/tutoriales .

¿O tenías algo más/algo más específico en mente?

Realmente hay dos aspectos en esto para mí, supongo. En primer lugar, me gustaría saber cómo se pueden hacer. En segundo lugar, estoy tratando de averiguar si podría hacerlo usando valores de rasgos de líneas hemiclonales de drosophila de modo que obtenga valores de rasgos específicos del sexo para cada haplotipo y, por lo tanto, pueda hacer una matriz B.
Bueno, debería poder obtener variaciones genéticas de líneas hemiclonales; sin embargo, debe considerar cuidadosamente cómo calcularlas exactamente y la cantidad de heredabilidad capturada. ¿Qué quieres decir con: " En primer lugar, me gustaría saber cómo se pueden hacer ". ¿Qué contienen las matrices, cómo realizar técnicamente las regresiones u otra cosa? Sospeché que buscabas algo más específico, pero deberías actualizar la pregunta para que sea menos confusa.
Además, ¿ha examinado los modelos animales (modelos mixtos estadísticos), donde se puede usar todo el pedigrí para estimar los componentes de la matriz G?
lo que quiero decir con "cómo se pueden hacer" es qué tipo de datos necesito, qué se debe medir, como ya dice en la pregunta
@GriffinEvo Supongo que esto es lo que no me queda claro; en el caso simple, lo que necesita para una matriz G son datos fenotípicos sobre los rasgos de interés y una relación conocida entre individuos (por ejemplo, padres e hijos). También escribí esto en mi respuesta, pero aparentemente estás buscando algo más. Para tener en cuenta, por ejemplo, los factores ambientales, el sexo o un pedigrí conocido, necesita un modelo estadístico más complejo, por ejemplo, modelos animales . He actualizado mi respuesta con un documento que podría ser útil.
¿Qué se necesita para una matriz G?
RespuestasAquíPolítica de privacidad1y, 0v