Supongamos que tengo un mapa genotipo-fenotipo definido por la matriz :
los escalares representan el número de genotipos y rasgos, respectivamente. El mapa asigna un conjunto de rasgos fenotípicos (las columnas) a un conjunto de genotipos (las filas), donde es la medida cuantitativa de un individuo de genotipo con respecto a un rasgo . Quiero saber cómo cambia el valor promedio de cada uno de los rasgos fenotípicos con el tiempo, lo que sugiere que debería usar la teoría de la genética cuantitativa y formular la ecuación
,
dónde, es la matriz de covarianza de varianza genética aditiva, es la matriz de covarianza de varianza fenotípica, y es un vector de covarianzas de cada rasgo con aptitud. Suponga que conozco las frecuencias de los diferentes genotipos en la población.
Pregunta 1 ¿Puedo formular la matriz de varianza-covarianza genética aditiva solo a partir del mapa genotipo-fenotipo (y frecuencia pop)? Tenga en cuenta que no sé nada sobre el modelo genético subyacente: número de loci que representan cada genotipo, estructura de dominancia, interacciones epistáticas, etc.
Pregunta 2 Si asumo que los genotipos representan individuos haploides, ¿esto cambia las cosas? ¿Es la variación genética aditiva siempre igual a la variación fenotípica (suponiendo que no haya efectos ambientales) en un modelo haploide? En otras palabras, hace ? Lo que estoy pensando es que la variación epistática podría afectar las cosas, pero no debería afectar la heredabilidad en un modelo haploide, que es lo que es una medida de.
A partir del mapa fenogénico y de las frecuencias de los genotipos, tiene la distribución completa de fenotipos en su población. La media del fenotipo , es el
, dónde es la proporción de individuos que tienen genotipo y es el fenotipo de los individuos con genotipo . Por lo tanto, la varianza de es
La covarianza entre los rasgos fenotípicos y es
Las únicas suposiciones que necesita es que no hay variación ambiental. No creo que los cálculos anteriores requirieran ninguna otra suposición. se puede definir en la etapa haploide o diploide, no cambia nada.
Sin embargo, los cálculos anteriores le brindan la varianza genética y la covarianza, pero no la covarianza de la varianza genética aditiva. Creo (pero podría estar equivocado) que la varianza genética aditiva sería igual a
, dónde es la frecuencia del alelo en el lugar (debe obtener esos datos reformateando su matriz de mapa geno-feno) y , y
es el rasgo fenotípico para el genotipo y lugar promedio sobre todos los demás genotipos. Existen genotipos en total. Por supuesto, esto funciona solo para loci bialélicos. No sé cómo sería para más alelos.