Qué ORF se traducirá

Tengo una pregunta sobre el ORF y la traducción a proteína. Digamos que tengo una transcripción de ARN que contiene dos ORF, uno en la fase 1; uno en la fase 2; como:

El ORF número 1 en el marco de lectura 1 en la cadena directa se extiende desde la base 529 hasta la base 759.

El ORF número 2 en el marco de lectura 3 en la hebra directa se extiende desde la base 849 hasta la base 1223.

Entonces, el ORF número 1 viene antes en la transcripción, pero el ORF número 3 es más largo...

¿Es siempre el primer ORF que se traduce?

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  • Está en un organismo eucarionte y el mismo gen (es la misma transcripción)

  • Uso el buscador de ORF ( http://www.bioinformatics.org/sms2/orf_find.html ) en mi secuencia de transcripción y me da dos ORF potenciales (ORF 1 y ORF 2 dentro de dos marcos diferentes)

Gracias

Esto es imposible de responder. ¿Estás hablando de bacterias o células eucariotas? ¿Son estos genes diferentes?
Hay varios parámetros, como la presencia del sitio de unión al ribosoma proximal en procariotas o la secuencia de Kozak en eucariotas, estructuras secundarias, etc.
Edite su pregunta y aclare. La respuesta podría ser ORF1, ORF2 o ambos o ninguno dependiendo de los detalles. ¿Es esto en una especie que tiene intrones? ¿Se empalma el ARN? ¿Maduro? ¿Son estos el mismo gen? ¿A qué te refieres exactamente con ORF? ¿Están ambos terminados por un codón de PARADA?
Para empeorar esto, ¿es este un ARN viral que separa los ORF por IRES?
Un marco de lectura abierto es aquel que se extiende cierta distancia sin contener uno de los tres codones de terminación de la traducción. Esto no tiene nada que ver con la iniciación de la traducción. La traducción tanto en procariotas como en eucariotas requiere un codón de iniciación AUG. No menciona si hay codones AUG en marco en su transcripción hipotética. Sin esta información, nadie podría dar una respuesta significativa.
Además, hay codones de inicio alternativos.

Respuestas (2)

Si los dos ORF que predijo la herramienta web comienzan con un codón de iniciación AUG, entonces la respuesta del libro de texto es que la tapa 5 'en los ARNm eucarióticos es la primera característica que reconoce el aparato de traducción, y el ribosoma escanea hasta que encuentra el primer AGO (es una descripción simplificada). Sin embargo, si hay varios AUG cerca uno del otro, se preferirá el que mejor coincida con el Kozak PWM (matriz de peso de posición). La secuencia de Kozak se puede aproximar por: CCATGG que también es reconocida por la enzima de restricción NcoI. Los genes altamente expresados ​​tienden a coincidir más estrechamente con el consenso de Kozak.

El caso más común como este es un ARNm procariótico, donde los genes policistrónicos aparecen regularmente. En ese caso, los ribosomas quedan libres para unirse al ARN y ambos genes suelen cotraducirse .

ingrese la descripción de la imagen aquí

La proporción de traducción entre los dos genes varía según la afinidad del ribosoma por el ARNm, que está parcialmente determinada por la secuencia del sitio de unión al ribosoma.

Si hay mucha actividad de transcripción en el ARNm, muchos ribosomas a la vez pueden traducir cualquier único ORF, como puede ver en la micrografía anterior.

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