Hay muchas escalas de hidrofobicidad para el análisis de proteínas.
En términos generales, deduzco que las diferencias entre ellos provienen del método experimental para adquirir los datos y la normalización (o falta de ella) de los datos.
Para detectar/predecir segmentos transmembrana, un método es usar una ventana de 19-20 de estas escalas de residuos para detectar una región de hidrofobicidad por encima de un umbral. Eisenberg et al. la escala es utilizada por uniprot por ejemplo.
Uniprot no parece explicar su elección de usar el Eisenberg et al. escala.
¿Por qué se podría usar una cierta escala sobre otra cuando se predicen segmentos transmembrana?
Esto ha sido estudiado por algunos de mis compañeros de laboratorio en ¿Por qué la escala de hidrofobicidad biológica es más precisa que las escalas de hidrofobicidad experimentales anteriores? No estoy involucrado en su investigación, pero aquí está la esencia del artículo:
Las diferentes escalas, como usted dice, se desarrollan en función de diferentes criterios. En particular, la escala de Eisenberg es una de las escalas de consenso, que es de esperar que sea al menos tan buena como todos sus componentes. Se creía que no había grandes diferencias de rendimiento entre las escalas. Esta podría ser la razón por la que Uniprot no especifica su elección de escala: en ese momento, no importaba demasiado. Un estudio realizado en 2009 mostró que la nueva escala UHS era en realidad mejor que otras.
Los resultados del benchmark son que las diferencias no son tan grandes: aproximadamente en la diferencia en la precisión de la predicción. ¿El ganador absoluto? Hessa , anotando por encima de la media de las escalas, pero seguido de cerca por UHS, PM1D y PM3D. El rendimiento de Eisenberg, por cierto, es promedio.
Nota final: encontraron que un tamaño de ventana casi óptimo para todas las escalas era 21 con el doble del peso en el tercio central.
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