A menudo, los estudios genéticos, especialmente los del genoma completo, hablan de "variaciones focales en el número de copias" en genes o regiones del cromosoma. Sé lo que es una variación del número de copias. ¿Qué significa exactamente "focal"?
¿Hay CNV no focales? ¿Qué son? ¿Dónde se originó el término "focal"? ¿Hay algún documento específico que acuñó (y con suerte definió sin ambigüedades) el término?
Una búsqueda de "variación del número de copia focal" en Google Scholar debería arrojar muchos artículos al respecto . El algoritmo GISTIC es un método computacional popular para encontrar CNV putativos, por lo que la información sobre este algoritmo puede tener algunas pistas.
Un texto de documentación para una implementación de GISTIC en el sitio web del Broad Institute establece lo siguiente:
(8) Amplio o Focal: identifica si la región alcanza importancia debido principalmente a eventos amplios (llamados "amplios"), eventos focales (llamados "focales") o eventos amplios y focales significativos de forma independiente (llamados "ambos").
Una variación del número de copias (CNV) es cuando el número de copias de un gen en particular varía de un individuo a otro.
De: el Glosario NIH
Las CNV focales son regiones de información genética repetida que solo abarcan una pequeña proporción (<25 %) del brazo cromosómico (aunque esto no parece ser una regla constante) y pueden contener pocos genes. Los CNV superiores a este se denominan 'a gran escala' o 'amplios'.
Aquí hay algunos documentos relevantes que encontré (sin duda hay más);
Este artículo trata sobre un programa (VarScan2) que los autores han creado para detectar de manera sólida mutaciones somáticas y CNV;
Para identificar las SCNA [ alteraciones del número de copias somáticas ], VarScan 2 compara las profundidades de lectura de Q20 (calidad base >=20) entre muestras tumorales y normales para regiones contiguas de cobertura... Por lo tanto, aplicamos un algoritmo de segmentación binaria circular (CBS) (Seshan y Olshen 2010) para delinear segmentos por número de copia e identificar puntos de cambio significativos. Un procedimiento de unión posterior fusionó segmentos adyacentes con un número de copias similar y los clasificó como eventos focales o de gran escala (>25 % del brazo cromosómico).
De: Koboldt D, et al , 2012 .
Continué buscando, mientras me preguntaba si esta era una definición estándar o solo una utilizada por los autores.
Este documento informa sobre genes bacterianos que provocan aberraciones cromosómicas focales, pero no brindan una gran definición (ya que me parece bastante arbitrario);
Muchas de estas aberraciones [cromosómicas] se refieren a grandes regiones cromosómicas, lo que dificulta la identificación de los genes impulsores reales. El aumento de la resolución ha llevado a la detección de aberraciones cromosómicas focales, definidas como de 3 Mb o menos de tamaño [5–8]. Inherente a su tamaño, las aberraciones focales contienen una pequeña cantidad de genes, lo que facilita la identificación del gen conductor.
De: Brosens R, et al , 2010 .
Este extracto es de uno de los estudios a los que se hace referencia en el artículo anterior (cuando mencionan su definición de CNV focales). Este artículo trata sobre las CNV en diferentes células tumorales;
Los tumores primarios contienen proporciones variables de células no neoplásicas, lo que oscurece las amplificaciones focales, definidas por el aumento del número de copias de una pequeña región del genoma, a partir de ganancias simples de brazos de cromosomas completos.
De: Leary RJ, et al , 2008 .
Konrad Rodolfo