¿Qué es el pseudopalíndromo?

Me topé con esta palabra en una página web de bio.libretexts.org :

La dam-metilasa de E. coli reconoce el tetranucleótido GATC en el ADN y transfiere un grupo metilo (de S‑adenosil metionina) al grupo amino en la posición 6 de la adenina en esa secuencia. Tenga en cuenta que GATC es un pseudopalíndrome , por lo que ambas hebras tienen la misma lectura para estos cuatro nucleótidos en el ADN.

¿Qué significa? ¿En qué se diferencia de la secuencia palindrómica?

He buscado en google, ncbi y google.books pero no pude encontrar nada.

Modifique el título de su consulta para que se lea y aparezca como una pregunta.
Los palíndromos 'verdaderos' leen lo mismo de 5' a 3' que de 3' a 5' en la misma hebra. Los pseudopalíndromos se leen igual que sus complementos inversos.
@Galen ¿Qué es el complemento inverso?
@SanjuktaGhosh 1. Orden inverso de los caracteres (GATC ->CTAG); 2. Encuentra la hebra del complemento (CTAG -> GATC). Tenga en cuenta que para esta secuencia particular (pseudopalíndromo), los pasos se invierten entre sí.
Pruebe esta aplicación para tener una idea de lo que sucede en la complementación inversa: bugaco.com/calculators/dna_reverse_complement.php
Si tiene un terminal Shell o similar, intente jugar con: (tr ACGT TGCA | rev) <<< 'input_seq'
Creo que un problema principal aquí es que el texto citado no usa el término 'pseudopalíndromo' en el sentido de la jerga biológica. Desafortunadamente, la biología molecular no usa 'palíndromo' en el sentido normal, sino en un sentido que contradice directamente el sentido normal. Un palíndromo normal formado a partir de GA sería GAAG, pero un palíndromo bio formado a partir de GA sería GATC.

Respuestas (1)

En el ADN hay cuatro nucleótidos o "bases", cada uno de los cuales puede emparejarse con una base complementaria en la cadena asociada de la doble hélice. De este modo:

Adenina (A) y Timina (T) son complementarias y Citosina (C) y Guanina (G) son complementarias.

Entonces, se dice que una secuencia de nucleótidos es un palíndromo si tiene un número par de pares de bases y es igual al reverso de su secuencia complementaria.

Por ejemplo, en una sola cadena de ADN, la secuencia de bases CCATTAATGG es palindrómica porque la secuencia de bases en la cadena complementaria es GGTAATTACC, su inversa.

Un pseudopalíndromo es una secuencia de ADN con un número impar de pares de bases que produce un complemento simétrico excepto en el par de bases central. Por ejemplo, la secuencia de ADN ACCTGGT es pseudopalindrómica, porque su complemento en la otra hebra es TGGACCA, que es su inversa excepto por el elemento central.

[Puede haber cierta confusión en la literatura. El ejemplo citado en la pregunta, GATC, es un palíndromo que tiene a CTAG como su complemento, no un pseudopalíndromo.]

Algunos de los papeles que encontré también están retratados en tu dirección. ¿Podría proporcionar un enlace que pueda consultar?
¿Qué es el pseudopalíndromo?
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