¿Qué causa las bandas de escalera sesgadas en un gel de agarosa?

Con frecuencia me encontré con un problema en el que las bandas de mi escalera se torcieron. ¿Qué causa esto?

He aquí un ejemplo: gel de agarosa al 0,7 %, 100 V, 60 minutos. El mismo problema ocurre con el 1%. Cargué 10 ul de una reacción de PCR de 20 ul.

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Como puedes ver, el problema no es sonreír per se. Los carriles en sí son bastante verticales y rectos. Solo las bandas mismas aparecen deformadas. ¿Qué podría causar este problema?

La escalera y el carril al lado parecen sobrecargados. Trate de usar menos. Además, si es posible, no use los carriles a los lados de los geles, déjelos vacíos si puede. ¿Está reutilizando el búfer? Es posible que deba reemplazarlo con más frecuencia.
0.2u Filtra las soluciones que usas para hacer tus geles, y no sobrecargues el gel, este se sobrecarga.
@ user137 ¿Por qué recomienda no usar los carriles laterales?
@Chris Puede que solo sea una coincidencia, pero parece que es más probable que tenga un problema con la escalera si la coloco al margen. Tal vez son solo los electrodos en mi caja de gel, o tal vez fue un problema con mis primeros geles antes de que supiera que no debía sobrecargar los carriles, pero evito los carriles laterales cuando es posible y he tenido menos problemas.
Nunca he visto este problema cuando la caja de gel estaba bien. Las cajas que hacían que varios geles funcionaran de forma extraña solían tener problemas con el cableado de los electrodos.
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Respuestas (1)

Si la escalera está en un borde del gel, puede ser un proceso de diferente densidad como resultado de cómo se enfrió el gel (o se vertió demasiado lento). He cargado más ADN cargado en un gel y no me provoca este tipo de deformación. Puede ser que el tampón de la escalera sea diferente del que se usa para hacer el gel. Sus bandas no se ven particularmente nítidas, por lo que sospecho que el voltaje de funcionamiento es demasiado alto y hace que la superficie del gel se caliente y, por lo tanto, "manche" las bandas. Intente ejecutar el voltaje a 75 V durante un tiempo proporcionalmente más largo para ver si esto resuelve su problema.

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