¿Cuál es el significado de la notación "d(...)2" al escribir una secuencia de ADN?

Cuando la secuencia de un oligo de ADN se escribe como d(CGCTAGCG)2¿cuál es el significado de d(...)2? ¿Por qué no se escribiría simplemente como CGCTAGCG?

Reconozco que esta secuencia es el complemento de sí misma. ¿Es eso lo que indica esta notación?

Respuestas (2)

Suponiendo que se esté refiriendo a este uso específico de d(CGCTAGCG)2, la imagen proporcionada para la estructura cristalina muestra claramente que la estructura se refiere al hecho de que dos hebras de oligos de desoxirribonucleótidos se dimerizaron entre sí.

Si la misma estructura hubiera sido formada por ARN de doble cadena, la hélice dúplex de ARNbc resultante se denominaríar(CGCTAGCG)2

ingrese la descripción de la imagen aquí

Si entiendo, dse refiere a ADN y 2se refiere a doble cadena, ¿correcto? Si quiero referirme al ADN de triple cadena , ¿usaría d(...)3, etc.? (La secuencia que publiqué en realidad provino de un estudio de los 8 pb centrales de PDB ID: 1DCV, pero la estructura debería ser bastante similar a PDB ID: 1G7Z y no debería afectar la respuesta).
@ stvn66 Si fueran 3 moléculas independientes unidas por hidrógeno, seguro.
¿Puede señalar algún tipo de referencia que verifique su descripción de la notación? Esto me permitiría marcar con más confianza esto como la respuesta aceptada.
@ stvn66 Supongo que se debe a la nomenclatura química estándar para moléculas dimerizadas, y no creo que exista una fuente que diga esto específicamente para el ADN.
Al leer este artículo , hacen referencia a 'd(A)10-d(T)10'. Esto parece indicar la secuencia de ADN 'AAAAAAAAAA' y su complemento. Por lo tanto, no creo que el '2' se refiera a que sea de doble cadena, sino que la molécula tiene 2 copias de esa secuencia de ADN, ya que es el complemento de sí mismo.

Hablando con el autor de esta publicación , solían d(...)denotar una secuencia de doble cadena y d(...)2para denotar una secuencia de doble cadena autocomplementaria.

En cambio , esta publicación usa el número de subíndice después del paréntesis para indicar el número de repeticiones en la secuencia, por ejemplo, d(AT)10se usó para representar la secuencia de dsDNA ATATATATATATATATATAT.

¿Cuál es el significado de la notación "d(...)2" al escribir una secuencia de ADN?
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