La polimerasa T7 no transcribe todas las secuencias igualmente bien, la eficiencia de transcripción puede variar ampliamente para diferentes secuencias. Un requisito bien conocido de la polimerasa T7 es que la secuencia debe comenzar con 2-3 guaninas para una transcripción eficiente.
¿Hay alguna literatura que cuantifique los efectos de la secuencia sobre la eficiencia de la transcripción? Lo que más me interesa es el efecto de los primeros nucleótidos, ya que normalmente no es posible cambiar otras partes de la secuencia.
Con mucho, la parte más importante es el comienzo mismo de la transcripción, especialmente las posiciones +1 y +2. La secuencia consenso conservada en los promotores T7 de clase III es GGGAGA, cualquier cambio en los dos primeros nucleótidos reduce severamente la eficiencia de la transcripción. Los cambios en las posiciones +3 a +6 tienen efectos mucho menores.
Además, los cambios que colocan muchos pares de bases AU en esa región (por ejemplo, GGUUU) parecen afectar negativamente la eficiencia de la transcripción.
Otras secuencias que son problemáticas en cualquier parte, no solo al principio, son los largos tramos de uridinas o adeninas. Las secuencias con ocho o más uridinas o adeninas pueden hacer que la polimerasa se deslice, lo que da como resultado transcritos con más uridinas o adeninas que en la plantilla.
Estas características se detallan en el artículo de Milligan y Uhlenbeck de 1989 .
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Gergana Vandova
Científico loco
KAM