¿Puede el intrón convertirse en exón en el empalme alternativo?

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Podemos ver varios exones que en realidad son intrones en otros genes. No es realmente un gen diferente, es un empalme alternativo de un gen. Mi experiencia no es biología, entonces, ¿es posible que el empalme alternativo se comporte así? Solo sé que el empalme alternativo es solo una omisión de exón y que los intrones seguirán siendo intrones y no se convertirán en exones. ¿Puede alguien explicarme esto y darme alguna sugerencia sobre qué parte de la biología (o genética) necesito aprender? Gracias.

No estoy seguro de lo que estás preguntando. Si una parte de la secuencia termina en el ARN maduro, por definición no es un intrón.
Hmm, tienes razón. Entonces, ¿piensas a partir de esa imagen que es solo una omisión de exón? ¿Cómo se llama ese tipo de gen? ¿Todavía se llama isoforma? Tengo dificultades para hacer un análisis de RNA-seq para este gen debido a que la posición de superposición cerca del final se puede asignar a 9 genes.
Acabo de hacer una breve lectura. Parece que cada forma está bajo el control de su propio promotor. Esto significa que A8 tendrá que separar los primeros exones de todas las demás formas (esto sería una omisión de exón). Por otro lado, el pre-ARNm A1 no contiene ningún otro primer exón para empezar. Estos se clasificarían como isoformas de genes.
Gracias. ¿Puedes sugerir dónde leíste esa explicación? Mi conocimiento en biología es realmente limitado, por lo que necesito leer mucho material para mejorar mi conocimiento.
Muchas gracias. Entonces, todos esos genes compartirán 4 exones y solo serán diferentes en el primer exón, ¿verdad? ¿Significa que si puedo contar las lecturas del primer exón, puedo estimar el recuento total del gen (por ejemplo, UGT1A1)? Porque el problema es que el resultado de los últimos 4 exones es ambiguo.
No sé mucho sobre el análisis de datos de RNA-seq, pero me parece plausible.

Respuestas (2)

La mayoría de las transcripciones que muestra tienen diferentes sitios de inicio de transcripción. En otras palabras, esto sucede debido a los sitios de inicio de transcripción alternativos. Así que este no es el corte alternativo típico. Algunos genes tienen diferentes sitios de inicio transcripcional, pero el caso que usted muestra tiene excepcionalmente muchos sitios de inicio.

Si una parte de la secuencia termina en el ARN maduro, por definición no es un intrón (salvo por los eventos de corte y empalme anormales y la rara retención de intrones).

Específico a su pregunta, parece que cada formulario está bajo el control de su propio promotor. Esto significa que A8 tendrá que separar los primeros exones de todas las demás formas (esto sería una omisión de exón). Por otro lado, el pre-ARNm A1 no contiene ningún otro primer exón para empezar. Estos se clasificarían como isoformas de genes.

Referencias:

Owens IS, Basu NK, Banerjee R. 2005. UDP-glucuronosiltransferasas: estructuras génicas de las familias UGT1 y UGT2. Métodos Enzymol 400:1-22.

Gen NCBI: UGT1

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