Prueba de monofilia a partir de log-verosimilitudes por sitio sin optimizar las longitudes de las ramas

¿Cómo puedo obtener probabilidades de registro por sitio para una topología frente a una alineación sin optimizar las longitudes de rama? (¿Qué software puedo usar para hacer esto?)

Las log-verosimilitudes por sitio se pueden usar para varias pruebas de si una topología se ajusta bien a los datos en un alineamiento de secuencia múltiple usando, por ejemplo, la prueba de Shimodaira-Hasagawa, la prueba de AU, etc.

RAxML, Garli y FastTree y otros paquetes de software pueden calcular las probabilidades de registro por sitio dado un modelo de árbol, alineación y sustitución, pero primero optimizarán automáticamente las longitudes de las ramas.

Me gustaría probar un árbol en el que un par de secuencias (A y B) son monofiléticas, mientras que en la topología de máxima verosimilitud no lo son. Mi problema es que cuando infiero un árbol con una restricción que requiere que A y B sean monofiléticos, la longitud del borde se establece al mínimo dentro de la precisión permitida. Pero tener una longitud de arista tan cercana a cero no tiene sentido biológico si el árbol describe un clado monofilético para A y B: la longitud mínima de la arista debe ser equivalente a una sustitución o cambio de carácter, de lo contrario A y B están en una politomía que contiene clado con otras secuencias que no es el escenario biológico que me gustaría probar (en ese caso, habría ambigüedad con respecto a la relación de A y B con otros grupos que emergen de esa politomía).

Entonces . . . Me gustaría editar mi árbol restringido y aumentar la longitud del borde al clado A y B a la longitud mínima de una sustitución, luego realizar la prueba AU contra las probabilidades de registro por sitio para esa topología. ¡Pero el software anterior optimiza las longitudes de los bordes, restableciendo la longitud de los bordes a A y B a 0 efectivamente!

gracias