Tengo genotipos de plantas que han sido clasificados como Invasive, Wildo Domestic. Estoy tratando de investigar qué variables explicativas (como "tamaño de la hoja", "ancho de los pétalos" y otras variables continuas) afectan la probabilidad de ser clasificado en uno de los tres grupos. Por lo tanto, tengo que realizar una regresión logística multinomial. Sin embargo, me gustaría dar cuenta de la no independencia filogenética utilizando una matriz de parentesco.
¿Existen herramientas R que puedan realizar tal regresión?
Consideré lmekin, por ejemplo, pero no creo que logre tomar una respuesta que pueda tomar 3 categorías diferentes. ¿Hay alguna función que me interese (en el apepaquete, por ejemplo)?
Si está dispuesto a hacer el ajuste del modelo bayesiano, es probable que esto sea posible, pero requerirá algunos retoques para asegurarse de que los modelos sean lo que cree que son. Stan (a través de rstan o brms ), puede adaptarse a regresiones logísticas multinomiales ( una demostración de Thinkinator ).
Si puede convertir estos modelos en código stan puro, puede incorporar una estructura de correlación filogenética/de parentesco/arbitraria en el modelo siguiendo este ejemplo en github ( o este ). He tenido más suerte al lograr que la regresión filogenética funcione correctamente en stan puro que a través de funciones de conveniencia.
Remi.b