¿Por qué un pH alto provoca la desnaturalización del ADN?

En el método de transferencia Southern, por ejemplo, se utiliza una solución de NaOH para desnaturalizar el ADN de la muestra. Encuentro esto contraintuitivo ya que esperaba que N / A + los cationes neutralizarían las cargas negativas de los grupos fosfato, estabilizando así la doble hélice.

Tanto el pH alto como el bajo pueden afectar los enlaces H, especialmente en complejos formados por bases como piridina, quinolina, imidazol (ref) . El enlace es más estable cuando pH = pKa. No estoy muy seguro de si este es el caso aquí. Quizás se prefiera la desnaturalización alcalina porque no causará hidrólisis. Esta pregunta se puede migrar a química SE si no se publica una respuesta adecuada.

Respuestas (1)

Los pKas de guanina y timina (neutras) son 9-10 ( ref ). A pH alto (>~10), esas bases se desprotonarán y existirán como bases conjugadas cargadas negativamente. Como especies desprotonadas, se eliminan parte de las redes de enlaces de hidrógeno G/C y A/T. En la siguiente figura, las líneas de puntos verdes representan los enlaces de hidrógeno que explican el apareamiento de bases observado. Las líneas punteadas rojas representan interacciones interrumpidas.

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Puedo agregar cifras si eso ayuda.
Eso sería genial, ilustra mejor la respuesta.
@jerepierre las cifras que agregaste fueron geniales. Muchísimas gracias
¿Por qué un pH alto provoca la desnaturalización del ADN?
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