Tengo una lista de genes expresados diferencialmente de un experimento de RNA-Seq en Xenopus laevis que busco anotar funcionalmente con términos GO. Como X.laevis no figura en DAVID, parece que tengo 2 opciones:
He estado probando con Blast2GO recientemente, pero descubrí que es muy lento y, en general, falta. ¿Alguien tiene alguna experiencia con GO en Xenopus u otros organismos que no sean modelo?
Hice una anotación funcional de un no modelo y usé Blast2Go con buenos resultados.
Específicamente, tomé todas mis proteínas y volví a consultar la base de datos de proteínas no redundantes (nr) de NCBI usando mpiBLAST , luego analicé esta salida usando Blast2GO (B2G4PIPE) y una base de datos B2G local.
blast2go está a punto de comercializarse (ya que comenzaron a vender versiones PRO) y mi experiencia anterior no fue tan buena con él.
Usé IntrProScan para asociar los términos GO con las transcripciones, duró mucho pero informó todas las características de secuencia posibles.
Usar estas anotaciones personalizadas fue complicado para la visualización, pero gracias a BiNGO, pude hacerlo sin problemas. Para uso futuro lo he documentado aquí, http://infoplatter.blogspot.in/2014/04/gene-ontology-go-enrichment-analysis-in.html
¡¡Buena suerte!!
Lucas