¿Por qué la mayoría de los factores de transcripción mejoran la expresión en lugar de reprimirla?

Se pueden clasificar los efectos de los factores de transcripción (TF) sobre la expresión génica en dos tipos: mejoran o reprimen la expresión génica.

Siempre me han dicho que la mayoría de las funciones de los factores de transcripción actúan para mejorar la expresión génica en lugar de reprimirla. Suponiendo que esto sea cierto , mi pregunta es ¿por qué los activadores son más comunes que los represores? . ¿Existe, por ejemplo, una explicación mecanicista para eso (cuesta menos energía mejorar o la vía de mejora es más fácil de evolucionar)?

de wikipedia

Mientras que los activadores pueden interactuar directa o indirectamente con la maquinaria central de la transcripción a través de la unión del potenciador, los represores reclutan predominantemente complejos correpresores que conducen a la represión transcripcional por condensación de cromatina de las regiones potenciadoras.

Los mecanismos son diferentes y parece una causa probable de la sobrerrepresentación de la función de mejora de los factores de transcripción en los genomas, pero no es obvio para mí por qué los activadores y represores tienen que usar diferentes mecanismos y tampoco es obvio para mí por qué estos diferentes mecanismos daría lugar a una proporción de represores a activadores distintos de 1 2 .

¿Tiene una referencia para este reclamo? Además, tenga en cuenta que la simple ausencia de un activador puede ser represiva. En otras palabras, un mecanismo para reprimir la expresión génica es no expresar el activador.
No caen en grupos claros. Un factor de transcripción puede activar un gen y reprimir otro. Ya sea uniéndose a su región reguladora o aumentando la regulación de otro supresor (que sería un efecto secundario).
No, lamentablemente no. Pero como escuché eso varias veces, sentí que esto era de conocimiento común. "la ausencia de un activador puede ser represiva". Eso me suena raro. ¿No es sólo una cuestión de relatividad? El punto es que aún así, los activadores son más comunes que los represores (suponiendo que esto sea cierto) y entonces, ¿por qué? ¿Es más fácil evolucionar activador que supresor?
@Chris ¡Oh, buen punto! Pero aún así, la mayoría de las funciones son represivas (suponiendo que esto sea cierto), por lo que la pregunta sigue siendo válida. Si no es de conocimiento común que los activadores son más comunes que los represores, es mejor que primero haga una pregunta al respecto para asegurarme de que mi suposición es correcta.
Suponiendo que diría que esto se debe a diferentes vías de control. Puede activar los genes de una manera bastante sensible (bien regulado y solo unos pocos a la vez con muchos reguladores). A continuación, puede utilizar diferentes circuitos para regular la regulación a la baja.
También vale la pena mencionar que la misma proteína puede activar o reprimir directamente el mismo gen dependiendo de las modificaciones postraduccionales.
Edité mi publicación siguiendo sus comentarios sobre la categorización de TF en grupos. Ahora me aseguré de categorizar la función/actividad/rol de un TF y no el TF por sí mismo. Es posible que aún tenga algunos casos que no dejen caer fácilmente en uno de mis dos contenedores, pero creo que, en términos generales, ofrece una buena categorización.
@ Remi.b Esto tiende a basarse en opiniones. Hay algunas situaciones donde el control represivo es favorable y hay otras donde la activación es mejor. Realmente necesita agregar detalles y también proporcionar la referencia para Repressors < Activators.
Yo también he escuchado la afirmación "los TF generalmente mejoran la expresión", pero debería ser algo más como "los TF funcionan para mejorar la expresión correcta mediante la represión o la expresión".

Respuestas (1)

Puedo responder a esta pregunta solo en base a conjeturas porque no estoy realmente seguro de su afirmación de que los activadores son más numerosos que los represores. Así que considere esto como un comentario extendido.

Mientras que los activadores pueden interactuar directa o indirectamente con la maquinaria central de la transcripción a través de la unión del potenciador, los represores reclutan predominantemente complejos correpresores que conducen a la represión transcripcional por condensación de cromatina de las regiones potenciadoras.

No es realmente cierto. Un represor puede simplemente sentarse en el promotor y evitar que RNAP se una a este último.

Resumen

Los represores de la transcripción generalmente se consideran proteínas que se unen a los promotores de una manera que impide la unión posterior de la ARN polimerasa. Aunque este mecanismo de represión se encuentra en varios promotores, existe una lista creciente de represores que inhiben el inicio de la transcripción de otras formas. Por ejemplo, varios represores permiten la unión simultánea de la ARN polimerasa al promotor, pero interfieren con los eventos posteriores del proceso de iniciación, lo que eventualmente inhibe el inicio de la transcripción. El reciente aumento en el número de represores para los que se ha caracterizado en detalle el mecanismo de represión ha mostrado una sorprendente variedad de estrategias para reprimir el inicio de la transcripción.

Alguna justificación de por qué los activadores de números serían más:

Una perspectiva de red:

Supongamos que el gen A causa de alguna manera la represión del gen B. Esta represión puede ser directa ( siendo A un represor de B ) o indirecta a través de otros genes. En el caso de la regulación indirecta, solo necesita un represor en la ruta de red A → B para dar como resultado la represión de este último.

Entonces, todos los caminos represivos requerirían mínimamente solo un represor, todos los demás pasos en el camino pueden ser activación; mientras que en una ruta de activación necesitaría 'n' activadores para 'n' pasos.

Regulación postranscripcional:

Ahora, si incluye la regulación postranscripcional, puede encontrar más cantidad de represores: miARN (2588 informados en humanos: miRbase-21) y muchas proteínas también (por ejemplo, consulte aquí ). La mayoría de los casos de eventos que conducen a la activación de la traducción son en realidad desrepresión. Es lógico en cierto modo porque un mRNA es un producto temporal; por defecto, no debería requerir una señal adicional para comenzar a producir proteínas.

Gracias. Aprecio estas especulaciones basadas en mi declaración no referenciada. Tus explicaciones tienen un sentido bastante intuitivo.
¿Por qué la mayoría de los factores de transcripción mejoran la expresión en lugar de reprimirla?
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