Encontrar elementos regulatorios: ¿Cómo ha estado haciendo esto la gente?

En primer lugar, NO estoy preguntando cómo buscar y combinar elementos normativos utilizando una base de datos. Estoy preguntando cómo la gente encontró qué buscar y comparar en un genoma, cómo construyeron esas bases de datos. Mi pregunta es,

¿Cómo identificaron las personas las proteínas reguladoras/elementos de nucleótidos en primer lugar?

¿Encontraron primero las proteínas que ahora llamamos factores de transcripción y factores sigma, o manipularon el genoma para encontrar las partes reguladoras y luego las rastrearon hasta las proteínas?

¿Hay algún libro sobre la historia de la regulación de genes de investigación para recomendar?

Además, probé Google. Cada sitio recomendaba una base de datos u otra. También estaría agradecido si pudiera decirme qué debería haber buscado.

Estoy más interesado en los procariotas, pero las respuestas sobre los eucariotas también serían bienvenidas.

Contexto: soy un estudiante de primer año que investiga (sí, la experiencia es un poco loca para mí) y estoy interesado en encontrar elementos reguladores en Mycobacterium smegmatis y sus fagos.

¿dónde has mirado hasta ahora? libros de texto? literatura primaria? ¿Puedes dar algunos detalles?
Esto debería cubrirse hasta cierto punto en casi cualquier libro de texto sobre biología molecular. Un libro excelente es "A Genetic Switch" de Mark Ptashne. Se trata de la regulación en el fago lambda, un virus, pero muchos de los principios también se aplican a los procariotas. Tiene un capítulo completo dedicado a un análisis detallado de los experimentos utilizados para identificar los factores de transcripción y los promotores.
Esta es una de las cosas que miré: ibiology.org/ibioeducation/exploring-biology/molecular-biology/… Pero muchas cosas que leí eran sobre los métodos y descubrimientos, sin mucho detalle realmente sobre lo que la gente estaba pensando cuando probado estas cosas.
@CharlesE.Grant Lo tengo. Lo revisaré.
@CharlesE.Grant La biblioteca de mi escuela tiene la edición de 1986, mientras que tengo que comprar la edición de 2004. ¿El capítulo del que hablabas está en la edición anterior?
@CedarRen. Por el amor de Dios, solo camine hasta su biblioteca y échele un vistazo. Estaba feliz de ofrecer una recomendación, pero ahora le estás pidiendo a extraños en Internet que hagan el trabajo por ti.
Si su objetivo final es comprender cómo llevar a cabo su proyecto, entonces puede centrarse en cómo se llevan a cabo dichos estudios en los tiempos actuales. La investigación científica en épocas anteriores estaba limitada por la tecnología disponible en ese momento.
Esto es lo que un grupo cree que es pertinente: biostars.org/p/10596/#10749 , además de @WYSIWYG... ze puede haber terminado los estudios de zer y le gustaría contribuir a la tecnología en torno a zem: discutir.area51.stackexchange.com /usuarios
@CharlesE.Grant, recientemente pedí una copia gracias a ti. Es un libro corto, y hasta ahora muy interesante. Salud.

Respuestas (1)

Como se puede ver en el descubrimiento (más o menos reciente), la mayoría de los reguladores se descubrieron a través de un experimento diseñado específicamente para exhibir un factor en particular. Varios ejemplos incluyen:

  • El descubrimiento de Sp1 , el primer factor de transcripción eucariota que se descubrió (como se describe en el video vinculado en los comentarios)
  • El descubrimiento del operón Lac en E. coli .

Ninguno de estos estaba destinado a ser cribado de secuencias reguladoras en general. Si está buscando secuencias reguladoras de un gen específico, la técnica del gen reportero , combinada por ejemplo con un cribado de mutagénesis aleatoria, puede proporcionarle un mapeo de los elementos reguladores.

El siguiente artículo podría ser de interés para realizar un cribado basado en la mutagénesis UV: Mutagénesis UV en Escherichia coli K-12: Supervivencia celular y frecuencia de mutación de los genes cromosómicos lacZ, rpoB, ompF y ampA .

Si su pregunta es más general: "todas las secuencias reguladoras asociadas con un gen", entonces esta pregunta generalmente no tiene respuesta y probablemente se pueda abordar mejor primero mediante el análisis bioinformático (como la predicción de promotores, etc.).

Toda esta historia no ha impedido que algunos lo intenten, ¿verdad? bit.ly/2lN7uKp
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