Estoy tratando de encontrar una manera fácil de obtener una lista de objetivos putativos de un factor de transcripción en particular (por ejemplo, STAT1). Me interesan los objetivos determinados mediante pruebas experimentales y computacionales. Pensé que debería ser fácil obtener una lista de este tipo, pero estoy teniendo dificultades. ¿Alguien podría ayudarme con esto, preferiblemente con instrucciones específicas paso a paso? Como beneficio adicional, también estoy interesado en el problema inverso, que es, para un gen dado, obtener una lista de todos los factores de transcripción para los cuales hay evidencia de que regula ese gen.
Gracias,
Jennifer
Si estaba interesado en objetivos humanos, una manera fácil es GeneCards, que agrega otros recursos y combina datos computacionales y (algunos) experimentales:
En este caso, el problema inverso es particularmente accesible: por ejemplo: desplácese hacia abajo hasta la sección de Genómica (por ejemplo: para el gen llamado NOTCH http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=NOTCH1&keywords=notch1 ).
Si estuviera interesado en obtener todos los genes de un determinado factor de transcripción, podría comprar una licencia, con un costo de alrededor de 150 USD por año, para el servicio GeneALaCart de la empresa que ejecuta las tarjetas de genes gratuitas ( https://genealacart.genecards.org ), cargue una lista de todos los genes humanos (que, por ejemplo, puede obtener del servidor ftp de ncbi) y obtenga una hoja de cálculo que vincule los factores de transcripción con los genes.
Puede usar el software homer para esto, es gratuito. Homer usa una base de datos de motivos conocidos, y STAT1 está allí (busque STAT1 en la página web).
Con homer puedes buscar motivos conocidos dentro de todo el genoma. Pero también puede buscar todos los motivos dentro de un área determinada del genoma. Entonces, para su pregunta adicional, deberá obtener las coordenadas del genoma de su gen de interés (incluida la región promotora) y buscar motivos conocidos en esa área.
Todos pueden encontrarlo en el manual , que explica exactamente qué pasos debe seguir.