Las plantas parecen ser organismos menos complejos que los animales, pero a pesar de eso hay menos genomas de plantas secuenciados. ¿Se debe a que los genomas de las plantas son más complejos, por ejemplo en términos de regiones reguladoras y transposones que dificultan la secuenciación, o hay otras razones por las que el número de genomas de plantas secuenciados es menor que el de los animales?
Los autores de este artículo de revisión de 2012 resumen bien el problema en su introducción:
En contraste con los tremendos avances en el rendimiento, ensamblar lecturas de secuenciación sigue siendo un esfuerzo sustancial, mucho mayor de lo que sugerirían los esfuerzos de secuenciación por sí solos [22-24]. Los genomas de plantas grandes y complejos siguen siendo un desafío particularmente difícil para el ensamblaje de novo por una variedad de razones biológicas, computacionales y biomoleculares. Los genomas de plantas pueden ser casi 100 veces más grandes [25] que los genomas de aves [26], peces [27] o mamíferos [28] secuenciados actualmente. Además, pueden tener una ploidía mucho mayor, que se estima que ocurre en hasta el 80 % de todas las especies de plantas [29], y tasas más altas de heterocigosidad y repeticiones [30] que sus contrapartes en otros reinos. Además, el contenido de genes en las plantas puede ser muy complejo, como lo demuestra la presencia de grandes familias de genes y abundantes pseudogenes con secuencias casi idénticas derivadas de eventos recientes de duplicación del genoma completo y actividad de transposones [13]. Las plantas tienden a tener un alto número de copias de cloroplastos y orgánulos de mitocondrias, lo que complica el ensamblaje de sus restos en el genoma nuclear y distorsiona los niveles de cobertura [12]. Finalmente, a menudo es muy difícil extraer grandes cantidades de ADN de alta calidad de material vegetal, lo que dificulta la preparación de bibliotecas adecuadas para la secuenciación.
De: Schatz, Witkowski y McCombie. " Desafíos actuales en la secuenciación y ensamblaje del genoma de plantas de novo ". Biología del genoma (2012). 13 :243
Como puede ver, todas las razones clave han sido abordadas por las diversas personas que han comentado debajo de su pregunta.
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skymningen