Patógenos vs microbios y el sistema inmunológico

No todos los microorganismos son patógenos
En primer lugar, no todos los microorganismos son patógenos: algunos pueden ser inofensivos y otros pueden ser incluso esenciales para el funcionamiento del organismo huésped (p. ej., muchos microorganismos que forman parte de nuestro microbiote).

Muchos patógenos no son microorganismos
Aquí hay que mencionar virus y entidades subvirales (priones, viroides) que técnicamente no son organismos, aunque no pertenecen a la categoría de micro- .

Luego hay que mencionar patógenos distintos de las bacterias: hongos, gusanos parásitos, varios tipos de larvas, plantas parásitas que se alimentan de su huésped, etc. Hay muchas interacciones entre dos organismos que pueden caracterizarse como parasitismo, es decir, benefician a un organismo pero perjudicial para el otro.

La enfermedad también es un término ambiguo
Ahora, incluso cuando hablamos de parásitos multicelulares, generalmente son más pequeños que su huésped. Tiene que ver con lo que llamamos enfermedad ; de hecho, este término se enfoca en la condición del organismo huésped que puede deberse o no a un patógeno. Además, generalmente se entiende que un patógeno está en una relación parasitaria con su huésped, es decir, se aprovecha del huésped sin matarlo. Esto nuevamente implica un menor consumo de energía, lo que generalmente significa un tamaño más pequeño. Si un "patógeno" matara a un huésped y lo consumiera en su totalidad (o la mayor parte), no lo estaríamos llamando una enfermedad/parasitismo, sino más bien una interacción depredador-rezo.

La terminología en biología a menudo se vuelve un poco confusa, a veces como resultado de definiciones superpuestas o el deseo de evitar la superposición. Por alguna razón, muchos patógenos eucariotas se denominan más comúnmente parásitos. Esto parece ser más común (aunque no exclusivo) con parásitos multicelulares, como las tenias, lo que posiblemente lleve a algunas definiciones que los excluyen como patógenos (aunque claramente causan enfermedades infecciosas). Un término técnico más generalizado para patógenos, que se usa a menudo en protocolos de bioseguridad y regulaciones de investigación, es 'agente infeccioso'. Esto cubre toda la gama de parásitos infecciosos, protozoos, hongos, bacterias, virus y agentes no vivos (como los priones) con menos posibilidades de ambigüedad.

Pero, la dura verdad es que muchos términos biológicos carecen de una definición rígida y universalmente acordada. Las definiciones contradictorias o incluso ambiguas pueden persistir porque tales definiciones no siempre son necesarias para que los biólogos realicen una investigación productiva. No necesito saber si los gusanos de Guinea son técnicamente considerados parásitos o patógenos o ambos para estudiar su transmisión y patología. No necesito saber si los priones están vivos o no para estudiar las enfermedades infecciosas que provocan. Lo que es más importante es tener definiciones de trabajo que no causen confusión cuando se usan consistentemente en un contexto dado (en su caso, ese contexto es aprender biología en el año 11).

En respuesta a tu segunda pregunta:

Suponiendo que la definición de mi maestro sea correcta, ¿por qué la mayoría de los patógenos son microorganismos?

Esta respuesta es un poco especulativa, pero la gran mayoría de la diversidad biológica en la Tierra es microscópica . Dado lo superados que somos los organismos multicelulares, tanto en número como en diversidad, es una maravilla de la naturaleza que persistamos. Los eucariotas son una pequeña rama del árbol de la vida, y los organismos multicelulares son solo una pequeña minoría de esa rama. Además, las entidades biológicas más abundantes y diversas del planeta, los virus, ni siquiera tienen un hogar permanente en ese árbol.