En genética, la relación Ka/Ks (o ω, dN/dS), es la relación entre el número de sustituciones no sinónimas por sitio no sinónimo (Ka) y el número de sustituciones sinónimas por sitio sinónimo (Ks), que puede ser se utiliza como indicador de la presión selectiva que actúa sobre un gen que codifica una proteína.
Pregunta:
¿Hay módulos/paquetes disponibles en Python para realizar análisis Ka/Ks? Deseo llevar a cabo un análisis Ka/Ks del gen completo y luego tal vez un análisis Ka/Ks de "nivel de codón" (es decir, dentro del gen a través de una ventana deslizante).
¿Conoces BioPython ?
Aquí , en otro sitio web, alguien ya hizo esta pregunta y Brad Chapman proporcionó una respuesta bastante buena. Da funciones ya escritas para realizar este tipo de análisis (yo personalmente no he probado los códigos).
En Perl existe Bio::Align::DNAStatistics. Podrías adaptarlo a Python.
Esto podría ser útil también.
Creo que hay muchas posibilidades que se te ofrecen. Puede revisar algunos otros haciendo una búsqueda en Google con las palabras clave synonymousy .non-synonymousBioPython
hola_ahí_andy
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