Tengo secuencias fasta de una proteína viral que sufrió una mutación en 2008 y este mutante mejoró su aptitud en comparación con la cepa salvaje (según la literatura). Quiero simular si mis secuencias se enviaron en 2009 (tengo secuencias de 2009 y 2010) o antes de mutar y simular próximas secuencias para comprobar si la población de mutantes realmente se vuelve mayoritaria. ¿Cómo puedo hacer eso? Mi virus es un ARN -ss. ¿Alguna herramienta para usar que pueda representarlo gráficamente? O simplificando... Quiero simular las secuencias pasadas y futuras de mi conjunto de datos.
Según la descripción del modelo que le interesa, probablemente no necesite simulaciones numéricas. Una simple expectativa analítica podría ser suficiente. Pero de todos modos, si desea realizar simulaciones numéricas (tal vez no quiera asumir panmixia), entonces hay varias opciones para usted.
El simulador que necesitará debe poder implementar la selección. Por lo tanto, debe ser un simulador avanzado en el tiempo y no un simulador coalescente. Personalmente, he experimentado con 4 simuladores de avance en el tiempo diferentes; SimBit , SLiM , SFS_code y Nemo .
Si no me equivoco, SFS_code no podrá simular individuos haploides y probablemente será más lento que SimBit y SLiM. En SimBit, SLiM y Nemo tampoco puede hacer haploides, sin embargo, puede establecer la tasa de clonación al 100%, que será esencialmente lo mismo que simular haploides.
Según mi experiencia y en términos generales, SLiM y SimBit son más rápidos que Nemo. Debido a que su tasa de mutación es alta y su tasa de recombinación será muy baja (probablemente será cero), SimBit debería ser muy, muy rápido y SLiM relativamente lento. Además, SimBit ofrecerá resultados mucho mejores para la estadística que le interesa que SLiM.
Tenga en cuenta que soy el autor de SimBit y, por lo tanto, podría tener un conflicto de intereses aquí. Aquí está el enlace a SimBit .