¿La desnaturalización de las proteínas conduce a la pérdida de epítopos?

Muchos pero no todos los epítopos de células B serán destruidos por desnaturalización. Los que son conformacionales serán destruidos, pero también hay muchos epítopos de células B que son lineales, basados ​​únicamente en la secuencia de aminoácidos sin una fuerte dependencia de la conformación.

Además, dependiendo de su protocolo IHC, a menudo hay un paso de fijación que involucra una cierta cantidad de desnaturalización, aunque rara vez es tan drástica como en la inmunotransferencia. Por el contrario, algunas proteínas son capaces de al menos restaurar la conformación nativa después de unirse a su sustrato de transferencia.

En pocas palabras, es impredecible, pero funciona con la suficiente frecuencia como para que valga la pena intentarlo.

Respuesta corta : si el mismo anticuerpo funciona tanto para IHC como para SDS-PAGE, significa que es monoclonal contra un epítopo lineal de superficie o un anticuerpo policlonal.

Respuesta larga -

Comenzando, existen en términos generales dos tipos de anticuerpos según el tipo de epítopos. El epítopo puede ser lineal o conformacional . Aquí hay un par de imágenes que deberían aclarar.

Ahora, en cuanto a las técnicas, en IHC, aunque hay poca desnaturalización, se puede esperar que la conformación esté intacta. Por otro lado, SDS-PAGE requiere que la proteína se convierta en estructuras lineales para que puedan pasar a través del gel.

Cuando el fabricante dice que el anticuerpo es monoclonal y puede usarse tanto para IHC como para la transferencia (los fabricantes mencionan la compatibilidad del anticuerpo con diferentes técnicas y especies), lo más probable es que se derive contra un péptido lineal en la superficie de la proteína. . Esto significa que funcionaría para IHC (ya que necesita un epítopo de superficie) o SDS-PAGE (que necesita uno lineal). Tenga en cuenta que un epítopo de superficie puede ser conformacional o lineal. Los Ab monoclonales se producen mediante la técnica del hibridoma.

Por otro lado, si el anticuerpo es policlonal, es mucho más probable que este conjunto contenga algunas IgG que se unen a epítopos lineales y algunas que se unen a epítopos de superficie. Por lo tanto, es mucho más probable que un anticuerpo policlonal funcione tanto en SDS PAGE como en IHC. También es un poco más fácil de producir, ya que esencialmente es solo antisuero purificado de un animal que fue inmunizado con el antígeno de interés.